2022-08-08 20:34:51
К ПРОИСХОЖДЕНИЮ «ЖИВОЙ ВАКЦИНЫ»
Омикрон, который называют "живой вакциной", привлекает внимание ученых несколькими необычными особенностями:
Повышенная контагиозность - его базовое репродуктивное число, показывающее, сколько человек может заразиться от больного, если в обществе отсутствует иммунитет, - в среднем оценивается в 9,5, хотя некоторые авторы утверждают, что оно может доходить до 24. (Для “диких” штаммов COVID-19 оно составляет 2,9, а для сезонного гриппа 1,3).
Более 50 мутаций, отличавших его от предковых штаммов, хотя остальные распространенные варианты имели значительно меньше (альфа - 23, бета - 12, дельта - 13). Некоторые из мутаций омикрона по отдельности фиксировались в других, позже исчезнувших, штаммах, другие ранее не выявлялись у COVID-19 вообще.
Как правило, вирусы с множественными мутациями вымирают, но омикрон оказался сверхприспособленным с самого начала. Кроме того, он уже изначально существовал в виде сразу 3 подвариантов (BA.1, BA.2 и BA.3), что намекало на длительную эволюцию, которая по какой-то причине прошла незамеченной для ученых, несмотря на тотальное тестирование всех и вся в 2021 г.
Множественные отличия от семейства штаммов альфа-дельта, намекавшие на неэволюционное происхожденин омикрона.
3 августа в Scientific Reports был опубликован препринт исследования группы испанских ученых, посвященного эволюции омикрона. В качестве критерия они использовали определенную делецию (потерю нуклеотидных оснований) в гене сайта расщепления S1/S2 спайк-белка. В этом сайте происходит расщепление белка протеазой на субъединицы, которые участвуют в связывании с рецептором и слиянии оболочки вируса с клеточной мембраной. Данная делеция была обнаружена у предковых штаммов еще в марте 2020 г. Исследователи сравнили частоту ее выявления у доминировавших штаммов от альфы до омикрона.
Чаще всего она выявлялась у диких штаммов 1 и 2 волн (B.1.5, B.1.1 и B.1.177) - в 57,1% случаев, а также омикрона - в 25% случаев. У альфы и беты она была зафиксирована в 7,1% случаев, у дельты - в 3,6%. Имела значение также распространенность дефектов в геноме. У штаммов 1 и 2 волн и омикрона было удалено от 11 до 18 геномных областей на определенном участке РНК, в то время как у альфы, беты и дельты были обнаружены только спорадические делеции, а сам участок был меньше.
Авторы пришли к выводу, что, несмотря на свои 50 мутаций, омикрон генетически ближе к “диким” штаммам, нежели к более поздним. Они предположили, что ближайший предок омикрона восходит к середине 2020 года.
Так спрашивается, если омикрон прямой потомок «дикого» штамма, то где он скрывался (его скрывали) ровно полтора года
В таких случаях мы всегда вспоминаем многочисленные истории gain-of-function - исследований, при которых в результате геномного редактирования или селекции возбудитель получает либо новые свойства, либо усиление прежних. Хотя на протяжении пандемии разговоры об этом клеймились как “теория заговора”, в этом нет ничего невозможного – любая лаборатория могла полтора года экспериментировать с диким SARS-CoV-2, оттачивая его контагиозность.
В теория о естественном происхождении, напротив, больше вопросов, чем ответов. Как омикрон мог 1,5 года эволюционировать, оставаясь незамеченным для искателей новых штаммов, но затем за 4 недели заместить собой все остальные? При его контагиозности это должно было произойти гораздо раньше. Почему, набрав десятки якобы случайных мутаций, он не вымер?
В природе вероятность того, что их сочетание окажется удачным, исчезающе мала. Почему он не потерял делеции, если эволюционировал одновременно со штаммами 3-5 волн? Лабораторное происхождение способно ответить на каждый из них.
4.4K views17:34