Sberloga

2021-09-13 17:41:03 Выложил прошедшие доклады на youtube:

Git hooks is all you need - Дани Эль-Айясс (Сбер)




Инструменты для понимания межклеточных взаимодействий по данным SC RNA-Seq - В. А. Шитов (СибГМУ)


Открыть/Комментировать

2021-09-07 15:26:26 @SBERLOGA
Дани Эль-Айясс: «Git hooks is all you need»
Четверг 9 сентября, 19.00 по Москве

Git Hooks — это полезный инструмент в арсенале каждого программиста, который помогает как в автоматизации рутинных вещей, так и решении определенных проблем, возникающих при разработке.

В рамках работы над проектом всегда хочется, чтобы код был читаемым, соответствовал определенным стандартам, работал корректно и не падал на тестах, и для достижения этого, большую роль играют такие вещи, как средства форматирования кода, статические анализаторы, линтеры, запуск тестов, и т.д.

Все это отнимает время, но не тогда, когда есть настроенные Git Hooks!

Ссылка на репозиторий:
https://github.com/dayyass/git_hooks_is_all_you_need

Ссылка на зум будет доступна через тг чат
https://t.me/sberlogadataclub ближе к началу доклада.

Видео записи докладов доступны на ютуб канале SBERLOGA
https://www.youtube.com/c/sberloga Открыть/Комментировать

2021-08-31 14:35:30 @SBERLOGA онлайн доклад по биоинформатике:
В. А. Шитов (СибГМУ): "Инструменты для понимания межклеточных взаимодействий по данным SC RNA-Seq"
Четверг 2 сентября, 19.00 по Москве

Методы Single Cell RNA-Seq позволяют изучать ткани на масштабе отдельных клеток. Обычно, они используются для понимания клеточных типов и их путей дифференцировки. В последнее время появляются методы, которые позволяют извлечь ещё больше информации из данных транскриптомики единичных клеток. Например, понять как клетки взаимодействуют друг с другом. Я расскажу о существующих инструментах для понимания межклеточных взаимодействий, принципах их работы, сходствах и различиях. А также о своём небольшом проекте по созданию единого интерфейса для разных программ, решающих эту задачу.

Статьи:
CellPhoneDB: https://www.nature.com/articles/s41596-020-0292-x
CellChat: https://www.nature.com/articles/s41467-021-21246-9
CellCall: https://academic.oup.com/nar/advance-article/doi/10.1093/nar/gkab638/6332819

Презентация: https://docs.google.com/presentation/d/1apcFiHPh4vlKiIO7RELs5XKh6q-uZaUhYj1X9sLOtj8/edit?usp=sharing

PS
Ссылка на зум будет доступна через тг чат https://t.me/sberlogabio ближе к началу доклада.
Видео записи докладов доступны на ютуб канале SBERLOGA https://www.youtube.com/c/sberloga Открыть/Комментировать

2021-08-31 14:35:30 Открыть/Комментировать

2021-08-25 12:24:59 Прошедшие доклады выложил на youtube:

Подход и кейсы process mining - Александр Кореков, Данил Сметанев (Сбер)




Compositional Tokenization in Knowledge Graphs - Михаил Галкин (McGill University)




Graph Transformers and Spectral Positional Encodings - Михаил Галкин (McGill University)




Снова про управление мамонтами, или как заставить языковую модель генерировать нужный нам текст - Eгор Плотников (Сбер)




Web-сервис для генерации текстовых эмбеддингов - Дани Эль-Айясс (Сбер)




Структуры белков и варианты генома - В. Е. Раменский (МГУ)




Введение в ворд2век - Фарид Хафизов




Предсказание 3D пространственной структуры белков: классические подходы и методы глубокого обучения - проф. О. Калинина (Helmholtz Institute), к.б.н А. Залевский (ИБХ РАН)


Открыть/Комментировать

2021-08-16 12:34:05 Если вы интересуетесь современной математикой/физикой, а также связями этих областей с дата-сайнс - добро пожаловать в чат https://t.me/sberlogasci . Мы также планируем он-лайн доклады, которые помогут людями с научным бекграундом ознакомиться с идеями дата-сайнс и, возможно, найти точки соприкосновения. Первый доклад этой серии:

Фарид Хафизов (Verizion): "Введение в ворд2век"
Четверг 19 августа, 17.00 по Москве

Word2vec - алгоритм, который революционизировал датасайнс подходы к обработке естественных языков и лег в основу огромной массы последующих работ. Статья Миколова и соавторав 2013 года (https://arxiv.org/abs/1310.4546) цитируется более 28 тысяч раз, что очень много даже для датасайнс. В статье предложено построение "эмбединга" слов - каждому слову языка сопоставляется вектор в многомерном пространстве, то есть язык вкладывается(=эмбедится) в векторное пространство. Близость в векторном пространстве при этом отражает некоторую смысловую близость слов. Сама идея эмбединга существовала и до этого, но авторы совершили прорыв показав, как каким образом ее можно успешно и эффективно реализовать. В последствии было предложено огромное количество обобщений - эмбединги для графов, гиперболические эмбединги (то есть в пространство Лобачевского), контекстно зависимые эмбединги и так далее.

В докладе мы разберём основные идеи положенные в основу skip-gram алгоритма.
На простом примере будет проиллюстрирован базовый алгоритм.
Презентация рассчитана на тех, кто начинает изучать NLP.

PS
Ссылка на зум будет доступна в тг чатах https://t.me/sberlogasci, https://t.me/sberlogabio ближе к началу доклада.
Видео записи докладов доступны на ютуб канале SBERLOGA https://www.youtube.com/c/sberloga Открыть/Комментировать

2021-08-12 21:04:59 Планируем доклад Василия Раменского на 13 августа (перенос с прошлой недели)

@SBERLOGA продолжает серию онлайн докладов посвященных АльфаФолд и темам вокруг него:
В. Е. Раменский (МГУ): "Структуры белков и варианты генома"
Пятница 13 августа, 19.00 по Москве

Первые кристаллографические структуры белков дали возможность описать возможные механизмы действия немногочисленных известных тогда болезнетворных замен аминокислот в белках. Пятьдесят лет спустя огромное количество обнаруженных у человека вариантов последовательности позволяет понять, какие участки белков являются мишенями для болезнетворных мутаций и какие структурные свойства характерны для болезнетворных и нейтральных замен.

Василий Евгеньевич Раменский, к.ф.-м.н., доцент МГУ им М.В.Ломоносова,
Руководитель лаб. геномной и медицинской биоинформатики
НМИЦ Терапии и профилактической медицины

PS
Ссылка на зум будет доступна через тг чат https://t.me/sberlogabio ближе к началу доклада.
Видео записи докладов доступны на ютуб канале SBERLOGA https://www.youtube.com/c/sberloga Открыть/Комментировать

2021-08-10 22:31:03 @SBERLOGA
Дани Эль-Айясс: «Web-сервис для генерации текстовых эмбеддингов»
Четверг 12 августа, 19.00 по Москве

Одной из самых распространенных задач NLP является задача текстовой классификации. Для обучения такой модели текст нужно представить в виде эмбеддинга. Для этого существуют различные подходы к получению эмбеддингов текстов/предложений, одним из которых является Multilingual Universal Sentence Encoder (MUSE). MUSE реализован на базе архитектуры Transformer, поддерживает 16 языков, включая русский, и показывает хорошее качество в задаче классификации.

В нашей команде, мы используем MUSE в различных проектах. Однако поскольку модель является достаточно тяжелой, приходится задумываться об эффективном использовании ресурсов, чтобы не занимать лишнюю память копиями модели в виртуальных окружениях каждого члена команды.

Для решения данной проблемы, нами был разработан REST API сервис, который можно развернуть на сервере, куда каждый член команды имеет доступ.

У такого подхода также имеется ряд дополнительных преимуществ, о которых будет рассказано во время доклада.

Ссылка на репозиторий с сервисом: https://github.com/dayyass/muse-as-service

Ссылка на зум будет доступна через тг чат https://t.me/sberlogadataclub ближе к началу доклада.
Видео записи докладов доступны на ютуб канале SBERLOGA https://www.youtube.com/c/sberloga Открыть/Комментировать

2021-08-07 14:57:58 Субботний нетворкинг. Датасайнс начинает активно применятся в биологии, медицине и химии: для поиска новых лекарств, анализа изображений, понимания работы клетки и огромного количества других задач. В будущем данные направления будут только расти, как и поток данных, которые создаются в этих отраслях и требуют анализа. Кто-то уже работает в этой тематике, кто-то может быть столкнётся в будущем, и в таком случае понимания domain knowledge - не помешает. Поэтому хотим порекомендовать несколько каналов, которые интересно описывают, что происходит в этих сферах:

@medicalksu Канал о цифровой трансформации здравоохранения. Новости о телемедицине, технологиях AI/ML, девайсах для врачей и пациентов и проектах биг фармы в digital.

@polyjuice "Зельеваренье Адвансд" лучший канал в тг о химии. (Иван Сорокин, к.х.н., доцент химфака МГУ)

@smart_lab_news Новости нанобиотеха: различные научные события, конкурсы, конференции и канал "ИБХФ РАН. Новости": @ibcp_ras_news

@rfmolbiol Интересные статьи, лекции, ссылки, софт, стажировки, учеба зарубежом, учебники, научные пособия, информация о различных мероприятиях (конференции, воркшопы, школы).

@liza_loves_biology всякая интересная всячина из мира биологии и чат научного клуба ФББ @sciclub_fbb_msu

@darthbiology Интересно обо всём, что относится к биологии и медицине. Просто о сложном. Открыть/Комментировать

2021-08-04 15:46:42 @SBERLOGA продолжает серию онлайн докладов посвященных АльфаФолд и темам вокруг него:
В. Е. Раменский (МГУ): "Структуры белков и варианты генома"
Четверг 5 августа, 19.00 по Москве

Первые кристаллографические структуры белков дали возможность описать возможные механизмы действия немногочисленных известных тогда болезнетворных замен аминокислот в белках. Пятьдесят лет спустя огромное количество обнаруженных у человека вариантов последовательности позволяет понять, какие участки белков являются мишенями для болезнетворных мутаций и какие структурные свойства характерны для болезнетворных и нейтральных замен.

Василий Евгеньевич Раменский, к.ф.-м.н., доцент МГУ им М.В.Ломоносова,
Руководитель лаб. геномной и медицинской биоинформатики
НМИЦ Терапии и профилактической медицины

PS
Ссылка на зум будет доступна через тг чат https://t.me/sberlogabio ближе к началу доклада.
Видео записи докладов доступны на ютуб канале SBERLOGA https://www.youtube.com/c/sberloga Открыть/Комментировать