Безвольные каменщики

2021-05-18 13:55:07 Ссылки:

[1] - https://www.nature.com/articles/s41591-021-01377-8 Открыть/Комментировать

2021-05-18 13:54:49 Потому что в нынешних условиях организовать полноценные КИ а) намного сложнее, так как люди из группы плацебо могут в любой момент пойти и привиться, б) вообще неоднозначно с этической точки зрения и в) нет смысла, потому что глобально вопросы с безопасностью вакцин более или менее ясны: они безопасны, но у некоторых могут быть очень редкие, но неприятные побочные эффекты. А эффективность новый вариантов как раз можно оценивать по титрам нейтрализующих антител.

PS Заранее отвечая на частый комментарий о том, что не антителами едиными жива защита и есть же еще клеточный иммунитет. Да, конечно, в какой-то мере он, безусловно, помогает справиться с болезнью. Однако данные клинических исследований вакцин и результаты использования препаратов на основе моноклональных антител, особенно у людей с иммунной недостаточностью, демонстрируют отличную корреляцию между степенью защиты от симптомной болезни и количеством нейтрализующих антител. Иными словами, роль клеточного иммунитета не является решающей, антитела отлично способны забороть вирус и без него. В защите от тяжелого течения значение клеточной компоненты может быть больше – та же CoronaVac от SinoPharm намного менее эффективно предотвращает само заболевание, но таки неплохо защищает от спецэффектов вроде реанимации или ИВЛ. Открыть/Комментировать

2021-05-18 13:54:49 Очень интересное исследование [1] вышло только что в Nature Medicine. Его авторы наконец разобрались с давно мучающим всех вопросом: а сколько нужно антител, чтобы обеспечить защиту от заражения коронавирусом? Разумеется, ответ получен не с точностью до антитела – все же в работе использовались математическое моделирование и различные приближения-коррекции – но тем не менее, это уже более или менее внятная оценка. Итак, согласно выводам работы, чтобы добиться 50% эффективности защиты, необходимо, чтобы уровень нейтрализующих антител, то есть тех, которые могут самостоятельно выводить вирус из игры, составлял около 20% от среднего уровня, вырабатываемого после болезни. Для 50% эффективности против тяжелого течения достаточно, чтобы титр соответствовал хотя бы 3% от среднего титра после болезни. В коммерческих лабораториях нейтрализацию смотрят, но беда в том, что разные лаборатории используют разные методы, и как они соотносятся друг с другом – неизвестно. В исследованиях тоже каждая группа использует что-то свое, и авторам пришлось специально повозиться, чтобы сравнить результаты между собой.

Если коротко, ученые сравнивали не абсолютные цифры, а отношение нейтрализующих антител к общему титру антител после болезни или вакцинации семью различными препаратами, в том числе «Спутником». Данные об антителах после прививки авторы брали из опубликованных результатов первой и второй фаз клинических исследований, а данные об обеспечиваемой ими защите – из результатов третьей фазы. Кроме собственно пороговых значений, защищающих от симптомного и тяжелого ковида, ученые смотрели, как титры угасают со временем. В этой части работы как раз активно использовалось моделирование, так что к конкретным результатам нужно относиться с повышенной осторожностью, однако общий тренд, по-видимому, таков: чем ниже у человека изначальная доля нейтрализующих антител сразу после болезни или прививки, тем быстрее уменьшается защита от повторного заражения.

Иными словами, имеет место нелинейная зависимость: если сразу много, то и через время будет много, даже несмотря на падение, а если сразу мало, то через время будет совсем мало. Это соображение особенно следует иметь в виду переболевшим в легкой форме: у них часто совсем немного антител, а значит, уже через несколько месяцев их риск повторно заразиться будет не сильно меньше, чем у неиммунных. Это не относится к тяжелому течению: так как для 50% защиты от него хватает небольшого количества антител (в среднем, в шесть раз меньше, чем для защиты от симптомного ковида), даже с угасшим иммунитетом защита сохраняется.

С другой стороны, мы знаем, что у давно переболевших, чей уровень антител упал ниже порога определения, много как В-, так и Т-клеток памяти, которые при встрече с вирусом могут оперативно начать размножаться и синтезировать антитела (первые) и размножаться, производя, в том числе, Т-клетки-убийцы (вторые). Так что пока ответ на вопрос, насколько хорошо уровень нейтрализующих антител коррелирует с риском заражения спустя, скажем, год после болезни или вакцинации, остается открытым. Предположу, что корреляция все равно есть, но более слабая.

Еще один вывод: все исследованные вакцины – мРНК-вакцины от Pfizer и Moderna, векторные «Спутник», вакцина от AstraZeneca и вакцина от Johnson&Johnson, субъединичная (белковая) от Novavax и инактивированная цельновирионная китайская CoronaVac – очень хорошо защищают от тяжелого течения. От повторного заражения лучше всего защищают мРНК-вакцины и «Спутник», хуже всего – китайская инактивированная вакцина. В этом месте мы очень ждем хоть каких-то опубликованных результатов о так называемой чумаковской вакцине, она же КовиВак, которая сделана по той же технологии, что и китайская.

В общем, несмотря на многочисленные оговорки, доля нейтрализующих антител, похоже, служит хорошим предиктором степени защиты. Теперь остается ждать, пока будут разработаны универсальные тесты, оценивающие этот параметр. Это совсем не так просто, как кажется, но эти тест очень нужны – хотя бы для создания возможных новых вариантов вакцин. Открыть/Комментировать

2021-05-16 17:12:03 Безвольные каменщики pinned «Результаты при этом могут быть весьма неплохими, но а) не благодаря, а вопреки этому стилю и б) ценой гораздо больших усилий, чем если бы все с самого начало делалось по уму. Но в итоге сейчас ситуация со «Спутником» выглядит максимально нелепо: нормальная…» Открыть/Комментировать

2021-05-16 17:08:37 Ссылки:

[1] - https://www.thelancet.com/journals/lancet/article/PIIS0140-6736(21)00899-0/fulltext
[2] - https://www.thelancet.com/journals/lancet/article/PIIS0140-6736(20)31960-7/fulltext Открыть/Комментировать

2021-05-16 17:08:26 Результаты при этом могут быть весьма неплохими, но а) не благодаря, а вопреки этому стилю и б) ценой гораздо больших усилий, чем если бы все с самого начало делалось по уму. Но в итоге сейчас ситуация со «Спутником» выглядит максимально нелепо: нормальная вакцина, которую могут завернуть ни по каким не по политическим мотивам, а просто потому, что полученные от разработчиков данные не удовлетворяют требуемым критериям. Возможно, конечно, данные, которые разработчики отправили в ЕМА, лучше тех, что доступны в публичном поле, но, блин, почему нельзя было сразу сделать как надо? Открыть/Комментировать

2021-05-16 17:08:26 В одном из самых авторитетных медицинских журналов The Lancet опять критика «Спутника» [1]. От тех же авторов, которые писали критическую заметку после публикации итогов 1/2 фаз [2], но на этот раз касаемо результатов фазы 3. Коротко претензии авторов сводятся к следующему: они обращают внимание на странные нестыковки в представленных данных. Например, на то, что количество испытуемых, заявленных на сайте clinicaltrials.gov, где регистрируются все клинические испытания, не совпадает с количеством испытуемых, указанных в статье. Плюс, 13 тысяч испытуемых вообще куда-то пропали – то есть, если верить данным с clinicaltrials.gov, их изначально включили в испытания, но в финальный анализ данные по ним по каким-то причинам не вошли. Зато после 20 дня с момента получения первой прививки 100 человек, которых не было на 10-й день после прививки, загадочным образом в анализе появились. Еще одна странность – необычная гомогенность результатов по различным возрастным группам. Ну и всякое подобное по мелочи, включая неясно прописанные критерии признания человека инфицированным.

Рефреном через всю заметку идет одно требование: предоставить для независимого анализа исходные данные и протокол клинических испытаний, который, очевидно, менялся уже после их начала. Как пишут авторы, они несколько раз писали разработчикам «Спутника» с этой просьбой, но те ее проигнорировали. Зато Логунов и соавторы опубликовали в том же The Lancet ответ на первую критическую статью – из которого следовало, что странные совпадения данных объясняются низкочувствительным методом анализа (это объяснение само по себе вызывает вопросы, но наблюдаемые странности оно разрешает) – и внесли некоторое количество правок в исходную статью, не уточняя, правда, откуда взялись ошибки.

Тут самое время занудно сказать: «А я говорила». С самого начала истории со «Спутником» многие эксперты и просто люди в теме писали, что так медицинские препараты не разрабатывают. Нельзя держать все в тайне, выдавая наружу только противоречивые заявления. Нельзя делать протокол на коленке – «А, нормально, потом подправим, если что». Нельзя начинать массовое применение до конца третьей фазы – хотя бы потому, что при этом многие добровольцы, узнав, что им вкололи плацебо, могут сделать себе укол реальным препаратом. Нельзя невнимательно собирать данные – «Подумаешь, плюс-минус десяток, главное, что работает же». Нельзя писать статьи лишь бы написать. Нельзя выкладывать информацию об испытаниях на clinicaltrials.gov по остаточному принципу, лишь бы отвязались. Это все кажется такими мелочами, особенно когда предварительные испытания показывают хорошие результаты, но эти мелочи в итоге могут радикально испортить впечатление о вакцине и лишить доверия к ней. Что и произошло, достаточно посмотреть на мизерный процент вакцинированных в России, редкой стране, где любой – любой! – гражданин уже много месяцев может получить обе дозы. Да, возможно, для этого придется слетать в Москву или Питер, но это абсолютно реальная история. А в ГУМе, вон, еще и мороженое после прививки дают.

Абсурд, но лучшие данные о реальной эффективности «Спутника» при реальном применении и побочных эффектах собраны не в России, а в Аргентине – слава богу, что эти данные есть, и они показывают, что «Спутник» – хорошая вакцина. Но его пиарщики и чиновники сделали все, чтобы признать это на международном уровне было чрезвычайно трудно. Неполные данные, непонятные протоколы, плохо собранные результаты гражданского применения: даже если в других странах очень хотят разрешить «Спутник», сделать это при таком качестве предоставленной информации – очевидно, поставить себя под удар. И да, придирки к статьям в The Lancet, на самом деле, не столь серьезны, но само их появление – логическое следствие того, как в целом разрабатывалась вакцина.

Наверно, иностранцам трудно это понять, но людям из России вполне себе ясно, как так вышло. Достаточно почитать мемуары почти кого угодно, связанного с наукой и разработками. Бардак и пренебрежение формальностями – фирменный стиль еще с советских времен. Открыть/Комментировать

2021-05-13 16:23:03 Ссылки:

[1] - https://www.nature.com/articles/s41564-021-00908-w#Sec10
[2] - https://www.nature.com/articles/s41586-021-03237-4 Открыть/Комментировать

2021-05-13 16:22:49 И если механизм, связанный с предразрезанием подтвердится, многие результаты, полученные ранее, окажутся нерелевантными. Потому что в лабораториях ученые часто заражают коронавирусом клетки, на поверхности которых нет протеазы TMPRSS2. SARS-CoV-2 в таких клетках вынужден пользоваться только эндосомным путем проникновения, в то время как в людях он использует путь через TMPRSS2. Почему бы ученым просто не взять клетки, на которых тоже есть TMPRSS2, спросит внимательный читатель. Теперь, очевидно, они будут делать именно так, но до этого часто использовали «неправильные» клетки, так как далеко не все клетки в принципе возможно растить в культуре.

И вполне возможно, именно неверным выбором клеток хотя бы отчасти объясняется противоречие между обнадеживающими результатами некоторых кандидатов в лекарства в лаборатории и их полным провалом на практике. Например, тот же гидроксихлорохин, как считается, вмешивается именно в эндосомный путь, который в реальных пациентах практически не задействован. Но в лаборатории на клетках без TMPRSS2 использование этого препарата давало отличный результат. На самом деле, с гидроксихлорохином было много вопросов и на стадии лабораторных исследований, но выбор не тех клеток объясняет, почему даже некоторые вполне разумные ученые были им очарованы. Открыть/Комментировать

2021-05-13 16:22:49 Кажется, индийский вариант, который (неправильно) называют двойным мутантом, грозит перевернуть ковидную моду. А именно, сместить фокус с RBD, receptor binding domain, части спайк-белка, которая связывается с клеточным рецептором ACE2, на фуриновый сайт. Потому что имеются основания полагать, что своей повышенной заразностью вариант В 1.617, как минимум, частично обязан мутации именно в фуриновом сайте. И это, во-первых, в очередной раз иллюстрирует, что наш уханьский друг принесет нам еще немало сюрпризов, а во-вторых, углубление в этот вопрос показывает, что многие научные исследования, в том числе те, в которых ученые искали потенциальные лекарства от ковида, можно выбросить на помойку – потому что их авторы не учли некоторых особенностей биологии вируса (ладно, в начале пандемии, положим, они их и не знали).

То, что SARS-CoV-2 для проникновения в клетку связывается с клеточным рецептором ACE2, наверно, выучили уже все. Но вот факт, что вирус, видимо, может влезть в клетку двумя разными способами, известен, в основном, в среде специалистов. Первый способ – соединить свою мембрану с мембраной клетки и вывалить содержимое внутрь. Второй – дать захватить себя в особый мембранный пузырек под названием эндосома и слиться уже с ее мембраной. Предшественник SARS-CoV-2, вызывавший атипичную пневмонию SARS, например, умел проникать в наши клетки только по второму пути – и был, как известно, не слишком хорошим заражальщиком. Потому что в эндосомах имеются особые белки семейства IFITM, которые делают мембраны жесткими и изменяют их форму, не давая вирусу слить свою мембрану с эндосомными. Включаются такие белки по сигналу от интерферона, вещества, которое клетка начинает выделять, почувствовав, что в нее проник вирус. Очевидно, что механизм срабатывает не в 100% случаев, но, тем не менее, он достаточно эффективен.

Нынешний коронавирус обзавелся дополнительным механизмом [1] внедрения в клетки. Чтобы пробраться в них, ему не нужно ждать формирования эндосомы, SARS-CoV-2 подставляет кусочек своего спайк-белка сидящему на мембране клетки ферменту TMPRSS2, который разрезает спайк, запуская этим процесс изменения его формы. Измененный спайк своей «задней» частью как бы прислоняется к мембране, часть белка под названием fusion peptide проникает под нее и притягивает всю вирусную частицу вплотную к клетке. Дальше слияние остается уже делом техники. Но для того чтобы TMPRSS2 разрезал спайк, необходимо заранее выпятить то место, которое будет разрезано. Точнее, TMPRSS2 может сработать и на нативном белке, но менее эффективно. И SARS-CoV-2 научился необходимую подготовку проводить – причем для этого он использует еще один клеточный фермент-разрезальщик (их называют протеазами) – фурин. Эта протеаза узнает и режет особую последовательность аминокислот – тот самый фуриновый сайт. И происходит это …в эндосомах, но не при проникновении вирусов внутрь, а при синтезе новых вирусных частиц в предыдущей зараженной клетке. То есть часть спайк-белков, торчащих на поверхности свежесозданных вирусов, уже надрезана фурином так, что место, которое должна узнать протеаза TMPRSS2 максимально заметно для нее. У SARS фуринового сайта не было, поэтому он не мог использовать этот путь проникновения.

У индийского варианта имеется мутация точно в фуриновом сайте. Каково ее влияние, пока точно неясно, но есть предположения, что она облегчает его разрезание. Это не обязательно хорошо для вируса – предразрезанный спайк менее стабилен и может терять откушенный кусочек, после чего связывание с рецептором будет невозможным. С другой стороны, это облегчает слияние на поверхности, а не в эндосомах. Какой из эффектов перевесит, можно выяснить только в экспериментах. Но сам факт, что одна из мутаций высокозаразного варианта находится именно в фуриновом сайте, примечателен. Наряду с RBD (а также так называемом N-концевым доменом), это крайне важное для вируса место, которое определяет его эволюционный успех.

Все эти подробности о двух путях окончательно вырисовывались не так давно – собственно, это пока одна из гипотез, хотя и убедительная [1], [2]. Открыть/Комментировать