(sci)Berloga Всех Наук и Технологий

2022-08-09 15:01:25 @SBERLOGABIG online seminar on biology:
Илья Зубарев «"Глаза и уши клетки": Как мы воспринимаем мир»
Пятница 12 августа, 18.00 по Москве

Лекция посвящена рассмотрению механизмов, лежащих в основе восприятия окружающего мира нашими клетками. Человек воспринимает мир через органы чувств, клетки – через специальные сигнальные системы. О том, как они работают и регулируются, будет рассказано в лекции.

Спикер: Илья Зубарев, научный сотрудник лаборатории регуляции клеточной сигнализации МФТИ, лаборатории молекулярной эндокринологии МГУ.

Видео:


Материалы: https://t.me/sberlogabio/37408 Открыть/Комментировать

2022-08-08 21:12:02 @SBERLOGABIG online seminar on data science:
Никита Рокотян «Как визуализировать граф с миллионом узлов»
Четверг 11 августа, 19.00 по Москве

О докладчике: Никита Рокотян - Data Visualization Engineer в F5 Networks. Основатель студии Interacta. Автор замечательного тг канала о визуализации данных: @dataviznews - подписывайтесь !

Никита расскажет о том как визуализировать большие графы с помощью Космографа — нового инструмента визуализации графов на GPU, над которым он работал с командой в течение последних двух лет.


Видео:


Статья с use case в анализе транзакций в блокчейне: https://medium.com/@cosmograph.app/6846dec7f1d7 Открыть/Комментировать

2022-08-07 17:08:29 Видео записи докладов по дата сайнс и биоинформатике
(ставьте лайки и подписывайтесь на новый Ютуб канал ):

Андрей Лукьяненко (Careem. Senior DS) «Уроки извлеченные из 10 лет в IT (ERP и DS)»
Материалы: https://slides.com/andreylukyanenko/career_advice_5year
Видео:


Абстракт: https://t.me/sberlogabig/122

М. Синдеева и Н. Чеканов (Институт искусственного интеллекта AIRI) «DeepCT: Cell type-specific interpretation of noncoding variants using deep learning methods.»
Материалы: https://t.me/sberlogabio/35854
Видео:


Абстракт: https://t.me/sberlogabig/119

Ольга Калинина «Журнальный клуб: методы предсказания влияния мутаций на функцию и стабильность белка»
Видео:


Абстракт: https://t.me/sberlogabig/123
Материалы: https://t.me/sberlogabio/36347
Обсуждения: https://t.me/sberlogabio/36384

Александр Рубель «Болезнь Альцгеймера: вызов 21 века»
Материалы: https://t.me/sberlogabio/36369
Видео:


Абстракт: https://t.me/sberlogabig/124

Подписывайтесь на Ютуб канал:
https://www.youtube.com/channel/UC9MxSFavwyx2Cjcp3_BviyQ Открыть/Комментировать

2022-08-03 10:05:05 @SBERLOGABIG online seminar on biology:
Александр Рубель «Болезнь Альцгеймера: вызов 21 века»
Пятнца 5 августа, 18.00 по Москве

О докладчике: к.б.н. Александр Рубель - руководитель лаборатории Биологии амилоидов, Санкт-Петербургский государственный университет

Болезнь Альцгеймера (БА) – нейродегенеративное заболевание, от которого страдают, как правило, люди старшего возраста; характеризуется нарушением памяти и когнитивных функций. Нарастание и усугубление симптоматики БА влечёт за собой невозможность нормальной жизнедеятельности, инвалидизацию и в конечном итоге приводит к смерти. В настоящий момент БА неизлечима и приводит к колоссальным экономическим потерям из-за необходимости ухода за пациентами. С каждым годом количество смертей, связанных с БА, неуклонно растёт. В лекции будут рассмотрены причины ведущие к развитию заболевания. Амилоидная гипотеза. Механизмы формирования амилоидов. Взаимосвязь болезни Альцгеймера с другими амилоидными заболеваниями. Прогнозы по развитию заболевания в России и мире. Подходы к ранней диагностике БА и перспективы лечения заболевания. Помимо БА в лекции будут кратко рассмотрены и некоторые другие амилоидные заболевания человека.

Доклад будет опираться во многом на обзорную статью: https://www.tandfonline.com/doi/full/10.1080/19336896.2021.1917289, но будет несколько шире.

Материалы: https://t.me/sberlogabio/36369
Видео:

Открыть/Комментировать

2022-08-02 16:42:20 @SBERLOGABIG online seminar on bioinformatics:
Ольга Калинина «Журнальный клуб: методы предсказания влияния мутаций на функцию и стабильность белка»
Среда 3 августа, 18.00 по Москве
( Нестандартный день ! )

Мутации в кодирующих последовательностях генома во многих случаях ведут к изменению кодона и, как следствие, замене аминокислоты в соответствующем белке. В таких случаях мутация может привести (а может и не привести) к функциональным последствиям на уровне фенотипа. Традиционно, биоинформатические методы для предсказания таких эффектов делились на анализирующие структуру белка (обычно с точки зрения предсказания стабильности) и оценивающие допустимость нового варианта с точки зрения эволюции. В этом докладе мы разберем некоторые такие подходы, а также рассмотрим несколько новых работ, комбинирующих структурный и эволюционный подход. На закуску мы рассмотрим один метод для предсказания изменения стабильности вследствие мутаций на основе структурных представлений белков с помощью глубоких нейросетей (и обсудим, нужны ли они в этой задаче).

Литература:
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.07.14.500015v1.full
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.07.14.500157v1.full
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8321532/
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.06.26.450037v1.full
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.07.12.499731v1.full

Видео:


Материалы: https://t.me/sberlogabio/36347
Обсуждения: https://t.me/sberlogabio/36384 Открыть/Комментировать

2022-08-02 11:46:14 @SBERLOGABIG online seminar on data science:
Андрей Лукьяненко (Careem. Senior DS) «Уроки извлеченные из 10 лет в IT (ERP и DS)»
Четверг 4 августа, 18.00 по Москве

Как перейти в DS, какие навыки актуальны, как развивать карьеру, какие личные качества важны - мне регулярно задают такие вопросы. За годы работы в DS я много раз отвечал на них, и сейчас решил поделиться ответами на такие вопросы, а также своими мыслями о работе в DS в целом. Этот доклад представляет из себя набор мыслей и советов с некоторой долей survivorship bias.

Материалы: https://slides.com/andreylukyanenko/career_advice_5year
Видео:

Открыть/Комментировать

2022-07-31 12:28:56 Воскресный нетворкинг.
Позвольте представить вам подборку интереснейших каналов, некоторые из них реально лучшие в телеграмме по своим тематикам, подписывайтесь:

@gonzo_ML - реально самый "глубокий" канал по глубокому обучению ! Григорий Сапунов и Алексей Тихонов держат руку на пульсе наиболее сложных и продвинутых статей по машинному обучению. Мы планируем обсудить новые статьи по фолдингу белков - и их обзор уже есть на канале.

@dl_stories - еще один мощный канал по глубокому обучению. Хотите знать как работает "PIXEL" — языковая модель, которая учится понимать и генерировать текст с rgb картинки - почитайте этот пост. А вы знаете, что такое "Мудборд" от Гугл ?)) - читайте.

@mathematics_not_for_you - Андрей пишет обо всём, что связано с математикой: от фокусов и лайфхаков устного счёта до сложных теорем и аксиом. Заходите также к Андрею на сайт: "Математика не для всех".

@OncologyFellow - один из лучших каналов по онкологии с упором на практические вопросы.

@ivoryzoo - хотите выжить в науке ? Вам сюда )))
Руководство по выживанию в науке, полезные советы начинающим, новости из научной жизни и просто околонаучный треп. Мы обсуждали недавний скандал с исследованиями по Альцгеймеру, оказывается и в исследованиях по онкологии, недавно возник аналогичный кейс: читайте.

Если у вас есть интересный канал, блог, любой проект или активность - не стесняйтесь, напишите нам о нём - @Alexander_V_C. Открыть/Комментировать

2022-07-24 11:55:57 @SBERLOGABIG online seminar on data science and bioinformatics:
М. Синдеева и Н. Чеканов (Институт искусственного интеллекта AIRI) «DeepCT: Cell type-specific interpretation of noncoding variants using deep learning methods.»
Четверг 28 июля, 18.00 по Москве

В последнее время все большую популярность приобретают ML-подходы, способные предсказать эпигенетические свойства клеток на основе последовательности ДНК. Новейшие модели Google и университета Стэндфорда, опубликованные за последний год, показывают высокую точность и могут использоваться для предсказания эффектов геномных вариантов некодирующих последовательностей ДНК. Однако эти подходы не могут обобщать предсказания по типам клеток, и применяются только к тем клеткам, в которых данные уже были получены экспериментально. Мы поговорим о новом подходе к задаче предсказания эпигенетических изменений, который позволяет выучить сложные зависимости между несколькими эпигенетическими характеристиками и предсказать их для любого входа, одновременно с этим выучив биологически значимые векторные представления типов клеток.

Видео:


Материалы: https://t.me/sberlogabio/35854 Открыть/Комментировать

2022-07-22 13:40:17 Видео записи докладов по дата сайнс и биоинформатике
(ставьте лайки и подписывайтесь на новый Ютуб канал ):

Дани Эль-Айясс (NLP Tech Lead, Сбер) «QaNER - NER via Extractive QA»
Видео:


Абстракт: https://t.me/sberlogabig/114
Материалы: https://t.me/sberlogasci/3669

Андрей Шадриков (Verigram) «Про важность тестирования»
Видео:


Абстракт: https://t.me/sberlogabig/116
Материалы: https://t.me/sberlogasci/3695

Роман Куцев (Co-founder, CTO Trainingdata (https://trainingdata.solutions/) ) «Как получать высокое качество размечаемых данных»
Видео:


Абстракт: https://t.me/sberlogabig/108
Материалы: https://t.me/sberlogasci/3624

Екатерина Титова (HR manager R&D BostonGene) «Рынок труда для биоинформатиков в 2022 году»
Видео:


Абстракт: https://t.me/sberlogabig/109
Материалы: https://t.me/sberlogabio/35075

Подписывайтесь на Ютуб канал:
https://www.youtube.com/channel/UC9MxSFavwyx2Cjcp3_BviyQ Открыть/Комментировать

2022-07-19 11:14:16 @SBERLOGABIG online seminar on data science:
Андрей Шадриков (Verigram) «Про важность тестирования»
Четверг 21 июля, 19.00 по Москве

В ML среде всё больше внедряются хорошие практики из Software Engineering, но не все легко переносятся. Есть много подходов в автоматическом тестировании кода, но в основном практики уже устоялись, и про это почти не рассказывают. ML модели в теории тоже понятно как тестировать, но инструменты и практики для организации тестирования в команде сейчас активно разрабатываются.

Я расскажу как мы выстраиваем процессы валидации моделей компьютерного зрения, в очередной раз вспомним почему важна воспроизводимость, и покажу скриншоты ClearML, который мы в итоге решили использовать.

Видео:


Материалы: https://t.me/sberlogasci/3695 Открыть/Комментировать