@SBERLOGABIG online seminar on bioinformatics:
Ольга Калинина «Журнальный клуб: методы предсказания влияния мутаций на функцию и стабильность белка»
Среда 3 августа, 18.00 по Москве
( Нестандартный день ! )
Мутации в кодирующих последовательностях генома во многих случаях ведут к изменению кодона и, как следствие, замене аминокислоты в соответствующем белке. В таких случаях мутация может привести (а может и не привести) к функциональным последствиям на уровне фенотипа. Традиционно, биоинформатические методы для предсказания таких эффектов делились на анализирующие структуру белка (обычно с точки зрения предсказания стабильности) и оценивающие допустимость нового варианта с точки зрения эволюции. В этом докладе мы разберем некоторые такие подходы, а также рассмотрим несколько новых работ, комбинирующих структурный и эволюционный подход. На закуску мы рассмотрим один метод для предсказания изменения стабильности вследствие мутаций на основе структурных представлений белков с помощью глубоких нейросетей (и обсудим, нужны ли они в этой задаче).
Литература:
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.07.14.500015v1.full
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.07.14.500157v1.full
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8321532/
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.06.26.450037v1.full
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.07.12.499731v1.full
Видео:
Материалы: https://t.me/sberlogabio/36347
Обсуждения: https://t.me/sberlogabio/36384
