Драган про ковид

2022-01-16 04:50:49 Возможно, вы помните один из первых зарегистрированных случаев заражения омикроном, когда один постоялец карантинной гостиницы в Гонконге заразился от другого постояльца. Оба были полностью привиты мРНК-вакцинами. Из номеров не выбирались. Друг с другом не контактировали.

Недавно вышла статья с эпидрасследованием этого случая — занятная, хоть и без сюрпризов.

Как всё устроено в Гонконге

• Каждый, кто прибывает в Гонконг, должен предоставить отрицательный тест сроком не более 72 часов, затем сдать повторный тест по прибытии. С февраля 2020 каждый прибывающий должен был соблюдать 14-дневную изоляцию в карантинном отеле. С декабря 2020 требования ужесточились: стали требовать изоляцию в 21 день (это произошло после нескольких вспышек в отелях).

• В карантинных отелях правила почти тюремные. Постояльцы не могут выходить из номеров. Сотрудники отеля приносят еду в номер и забирают мусор. Прямого контакта между жильцами и сотрудниками нет.

• Места общего пользования (например, стены и коридоры) дезинфицируют гипохлоритом натрия (1000 ppm) от 3 раз в день.

• На карантине у жильцов берут ещё несколько тестов. При положительном тесте постояльца забирают в изолятор.

Эти меры помогли Гонконгу избежать активной внутренней передачи. Но отдельные вспышки, несмотря на все меры, случались.

Вспышка в апреле 2021

Через 8 и 9 дней после выезда из карантинного отеля зарегистрировали двух бессимптомных носителей. Персонал не заразился. Подтвердились случаи заражения среди людей, которые жили в соседних комнатах на том же этаже.

Эпидрасследование показало, что персонал соблюдал все меры, а передача вируса произошла из-за особенностей вентиляции.

Выяснилось, что в коридоре не было вытяжки, поэтому по коридору гонялся один и тот же воздух. Обнаружилось, что когда в комнате открыто и окно, и дверь, направление воздуха менялось — и из комнаты воздух попадал в коридор. Именно из-за этого аэрозоль из комнат заражённых жителей просачивался в коридор. А когда жильцы других комнат открывали двери без маски, они вдыхали вирусный аэрозоль.

После двух этих случаев в коридорах карантинных отелей установили специальные очистители воздуха, а постояльцев обязали надевать маски при открытии дверей. До появления омикрона всё работало.

Вспышка омикрона в ноябре

Уже в ноябре зарегистрировали вспышку омикрона среди двух полностью привитых постояльцев — оба жили в номерах напротив, контактов не было. Ширина коридора 1,5 м, высота 2 м. Что показало эпидрасследование?

• Вирусный аэрозоль проникал в коридор при открытии дверей — это происходило, если дверь открывалась резко или просто широко.

• В комнату аэрозоль проникает даже при слегка приоткрытой двери.

• Выяснилось, что индексный случай открывал дверь без маски или в лучшем случае надевал тканевую маску — это происходило, когда нужно было забрать еду или выставить мусор.

Помимо прочего, авторы оценили загрязнение среды вирусными частицами — брали мазки с разных поверхностей. 1 образец из 8, взятый с труднодоступных высоких поверхностей (стена или потолок), спустя три дня дал положительный результат на коронавирус (Ct 39), что также указывает на распространение вируса по воздуху и обширное загрязнение окружающей среды.

Что это значит в бытовом смысле?

Каждый выход из дома без маски или респиратора сейчас — это риск заразиться.

Выход на лестничную клетку, чтобы встретить курьера — риск.

Вынос мусора — риск.

Короткая поездка на лифте — риск.

Всё это риски. Особенно если учесть, что Россию прямо сейчас начинает накрывать омикрон, и его вспышка затронет многих из нас в ближайшие полторы месяца.

Аэрозольная передача коронавируса — уже давно не новость (тем более ранее были похожие исследования, например, по заражениям в карантинных отелях Новой Зеландии). Но полезно помнить, насколько легко распространяется омикрон.

Тем более что даже бессимптомное течение может обеспечивать высокую вирусную нагрузку: так, у индексного случая в Гонконге тест оказался положительным при Ct 18, хотя ещё накануне тест был отрицательный. Это указывает на высокую вирусную нагрузку и на её стремительное нарастание. Открыть/Комментировать

2022-01-15 14:18:36 Симптомы при омикроне и при дельте: скорректированное отношение шансов с поправкой на возраст, пол, этнос, статус вакцинации, регион и неделю возникновения симптомов. Учитывались в основном симптомы первых 3−4 дней болезни. Симптомы преимущественно не отличаются за двумя исключениями: при омикроне значительно реже пропадает обоняние (в 13% случаев против 34% для дельты) и куда чаще возникает боль в горле (в 53% случаев против 34% для дельты). Подробности — в этом тексте. Открыть/Комментировать

2022-01-15 14:18:06 Вышел новый технический брифинг по омикрону от британцев — первый в этом году. Помимо прочего, авторы оценили, как отличается симптоматика при омикроне и при дельте с поправкой на возраст, пол, этнос, статус вакцинации, регион и неделю, когда появились симптомы. Их выводы подтверждают данные предыдущих исследований, о которых я писал в этом тексте.

• Анализ основан на 182 тыс. случаев омикрона и 88 тыс. случаев дельты. Данные о симптомах собирали в рамках программы отслеживания контактов, поэтому регистрировались в основном симптомы первых 3−4 дней болезни. О более поздних информации нет.

• При омикроне 89,8% выявленных случаев были симптомными, при дельте — 85,5%.

• Число симптомов при дельте и омикроне не отличалось: медианное число симптомов, которое испытывал заболевший — 4 (IQR 2−6).

• Симптоматика при омикроне и дельте практически идентична за двумя небольшими исключениями.

• При омикроне куда чаще возникает боль в горле (в 53% случаев против 34% для дельты, отношение шансов 1,93 при 95% ДИ 1,88−1,98). Но авторы отмечают, что боль в горле нельзя считать специфическим именно для омикрона симптомом.

• Омикрон значительно реже приводит к пропаже обоняния — оно было отмечено в 13% случаев (для дельты в 34% случаев, отношение шансов 0,22 при 95% ДИ 0,21−0,23).

• Напомню, что это симптоматика прорывных и повторных инфекций — почти все взрослые британцы привиты или ранее переболели ковидом. Симптоматика среди наивных, вероятно, отличается.

Обновил с учётом новых британских данных свой недавний текст о симптомах омикрона, отличиях омикрона от дельты, симптоматике наивных и иммунных. Открыть/Комментировать

2022-01-14 17:17:06 По СМИ сейчас расходится новость о том, что я прогнозирую пик новой волны через две недели, но это, мягко говоря, не так. В ближайшие две недели я ожидаю начала серьёзной вспышки по всей стране, а пик ожидал бы через месяц-полтора. Об этом поговорил сегодня в утреннем эфире Эха Москвы, несколько цитат оттуда:

«Пик точно не будет через две недели. Да, в ближайшие две недели с высокой вероятностью вспышка "омикрона" нас ждет. Но по опыту других стран, от начала роста, от начала вспышки, до пика примерно около месяца проходит»

«Есть оценки по Великобритании и по США, что на пике там заболевают 5-10% за неделю. Если экстраполировать это на Россию, то мы получим 7-15 миллионов заболевших на пике в неделю» (прим.: но в статистике оперштаба мы увидим от силы 10−15% от реального числа инфицированных; на чём основаны оценки в 5-10% инфицированных в США и Британии — см. этот тред американского вирусолога Тревора Бедфорда)

«Мы на самом деле движемся в тумане войны и не понимаем, насколько реально распространен "омикрон" в России, какова его реальная доля по стране и регионам. Те оценки, которые поступают, сильно разнятся. То нам говорят, что он составляет 30%, то озвучивают, что по другой выборке он составляет 76%, то он составляет 60%»

«На самом деле "омикрон" однозначно давно в России, он действительно у нас распространяется. Его вывили уже в 19 регионах на вчерашний день. При этом понятно, что это "выявили" не отражает реальности, потому что он, очевидно, представлен в куда большем количестве регионов. И в разных регионах есть уже внутреннее распространение. Были новости из Иркутской области, из Астрахани о том, что происходит передача уже среди населения, которое не выбиралось за границу»

«То есть на самом деле серьезная, заметная вспышка "омикрона" в России – вопрос буквально считанных недель»

А тем СМИ, которые переврали мои слова и исказили смысл, горячий привет. Открыть/Комментировать

2022-01-14 14:27:18 Предварительные результаты всплеска омикрона в Нью Йорке

Омикрон дал фору России. Не с нас началось распространение нового варианта.
Организаторы здравоохранения могут ориентироваться на публикуемые другими странами данные.

Сегодня опубликованы предварительные результаты оценки всплеска омикрона в Нью-Йорке с оценкой серьезности и влияния на здравоохранение.

Некоторые ключевые выводы:
Омикрону потребовалось 5 недель, чтобы стать доминирующим вариантом. Дельте - 20 недель.
Россия как минимум 3 недели уже живет с Омикроном.

Вслед за резким обращением людей за неотложной помощью с COVID-подобным заболеванием быстро увеличилось ежедневное количество госпитализаций.

2,02% от выявленных случаев инфицирования были госпитализированы.
В ЮАР - 5%.
В этой "вилке" надо планировать и госпитализации в России.
С учетом того, что как минимум 3% населения будет инфицировано на пике волны в течение недели в феврале дополнительные госпитализации в России в худшую неделю могут составить составить 85 - 214 тыс!

Уровень госпитализации непривитых существенно выше, чем вакцинированных
179,8 на 100 000 для невакцинированных
21,9 на 100 000 для вакцинированных

Каждый регион может посчитать свои доли госпитализированных со статусом вакцинации.

Самая высокая доля госпитализаций среди пожилых людей
более 200 на 100 000 среди 75+ летних
более 100 на 100 000 среди 65-74 летних
70-80 на 100 000 среди 45-64 летних

Неотложные обращения будут менее серьезными, по сравнению с дельта-волной: индекс серьезности 2,7-3 балла (1 балл - самая неотложная, 5 - наименее неотложная).

Общий уровень госпитализации на 150+% превышает предыдущий максимальный уровень госпитализации.

Уровень госпитализации в ОРИТ аналогичен предыдущему максимальному уровню.

Доля нуждающихся в ИВЛ ниже (примерно 70% от предыдущего максимума).

Педиатрическая госпитализация существенно увеличится.
В Нью Йорке непривитые дети в возрасте 5-17 лет в 4 раза чаще попадали в больницу по сравнению с вакцинированными детьми.
В России нет привитых детей и уровень госпитализации может быть выше!

50% больных во всех больницах с ковидом!
Это означает, что нековидные больницы будут работать с ковидными пациентами наравне с ковидными.
Переводить ковидных пациентов будет некуда.

P.s.
Надо добавить, что в Нью-Йорке 73% всего населения вакцинированы. В России существенно меньше. Открыть/Комментировать

2022-01-14 11:00:44 Один из ярких признаков начала волны омикрона — это резкий рост заболеваемости среди ранее переболевших и среди привитых. Всплеск прорывных инфекций при омикроне мы наблюдали в Дании, в Канаде, в США, в Великобритании, в Индии — везде, куда пришёл омикрон.

К сожалению, по России такой же статистики о частоте и числе прорывных инфекций ждать не приходится — особенно в том виде, в каком она доступна по Дании, Канаде и США. Максимум, чего мы дождёмся — это отдельные заявления чиновников (и я просто напомню, насколько обычно содержательны и информативны такие заявления).

К счастью, у нас есть статистика специфичных поисковых запросов в Яндексе. И если оценить частоту запросов, которые отражают заболеваемость среди привитых, виден быстрый рост, который начался уже на прошлой неделе: относительная доля таких запросов выросла на 87%, превысила пиковые уровни июня-июля и достигла уровня первой половины октября.

А что покажет эта неделя — мы узнаем только в следующую среду: Яндекс обновляет данные с задержкой. Открыть/Комментировать

2022-01-13 03:39:38 Лондон и его «естественный локдаун». Изменение активности жителей в разных сферах по сравнению с доковидным периодом, по данным Google Mobility. Подробнее — в этом тексте. Открыть/Комментировать

2022-01-13 03:39:13 «Вслед за естественной вакциной приходят естественные локдауны», — пишет @coronamed на примере Израиля.

Израиль, где официально сейчас болеет 2,5% населения, столкнулся с тем же, с чем ранее и Лондон, и Нью-Йорк, и другие города США. В больницах не хватает персонала, Минтранс сокращает число поездов из-за массовой заболеваемости контролёров и машинистов, государственные системы и сервисы перегружены и схлопываются. Эпидемия затрагивает все сферы — и это приводит к естественному эффекту локдауна. И к сопоставимым потерям.

То же недавно пережил Лондон, где последние полгода не было ограничений — но это не спасло город от непроизвольного локдауна. Вынужденного и необъявленного.

За последние недели в Лондоне резко снизилась активность жителей во всех отраслях. Если сравнивать с доковидными временами, то видно, что люди стали:
• больше времени проводить дома (+9%)
• реже пользоваться транспортом (−45%)
• реже ходить в рестораны, ТЦ и в развлекательные места (−41%)
• реже посещать супермаркеты и аптеки (−20%)
• значительно реже выбираются в парки (−52%)
• меньше выходить на работу (−15%)

По данным Google Mobility, сейчас активность лондонцев ненамного выше, чем год назад, когда действовал строгий национальный локдаун. И в среднем раза в 2 ниже по сравнению с доковидными временами.

По данным Apple Mobility, уже 21 декабря частота перемещений на личном и общественном транспорте в Лондоне упала ниже 19 июля — «Дня свободы», когда в Великобритании отменили коронавирусные ограничения, действовавшие больше года. С того момента и до 20 декабря, на протяжении 5 месяцев, активность лондонцев и британцев непрерывно росла, чтобы в волну омикрона резко упасть.

С одной стороны, это обусловлено массовой заболеваемостью: локдаун можно не объявлять, но когда каждую неделю заболевает по 5−10% населения (а таковы оценки американского вирусолога Тревора Бедфорда), это неизбежно влияет на все сферы и приводит к массовым закрытиям — от магазинов до спорта. Свежий пример из России — отмена 34 матчей чемпионата КХЛ и приостановка сезона до конца Олимпийских игр из-за резкого роста заболеваемости (ранее с тем же столкнулись в США и НХЛ, НБА и НФЛ).

Другая причина — резкая перемена в поведении людей. Люди способны ограничивать свои контакты и активность самостоятельно. Бесконтрольное распространение вируса приводит к тому, что люди начинают регулировать свои ограничения сами. Людям не нужны ограничения сверху, чтобы начать беречься и больше сидеть дома, когда вокруг все начинают болеть.

Лондонские данные потенциально может искажать естественный спад активности на Рождество (а исторических данных, к сожалению, нет). Но такая картина не только в Лондоне — это повсеместно.

Несколько примеров из Австралии. Покупательская активность жителей Сиднея в начале января снизилась до минимума с начала эпидемии. Люди предпочитают оставаться дома, несмотря на отсутствие ограничений, а бизнесы выживают без клиентов. То же происходит и в Мельбурне, и в других австралийских городах. Сокращается число рейсов общественного транспорта: только в Сиднее более 1000 сотрудников болеет. Супермаркеты Coles ввели ограничения на покупку товаров одним человеком: цепочки поставок нарушены настолько, что товары не успевают привозить. В магазинах Woolworths пустые полки — продукты не доставляют. У поставщиков мяса серьёзные сбои в цепочках поставок: на некоторых фабриках до 70% персонала болеет. Болеют сотрудники фабрик, водители, персонал магазинов — и затрагивает это всех. Открыть/Комментировать

2022-01-12 17:02:10 COVID и дети: свежие данные по США

«Легенький», «Это же ОРЗ», «Конец пандемии», «Естественная вакцина», ну или просто омикрон продолжает косить детей. По данным Американской академии педиатрии и Ассоциации детских больниц, еженедельные случаи заболевания COVID-19 у детей достигли 580 тыс за первую неделю 2022 года. Общее количество за неделю с 31 декабря по 6 января — самое высокое с начала пандемии — увеличилось на 78% по сравнению с предыдущей неделей (325 тыс) и на 192% выше, чем всего за 2 недели до этого (199 тыс).

CDC добавляет, что такая же ситуация и с госпитализацией. 15 декабря ежедневный показатель новых госпитализаций для детей в возрасте 0-17 лет составлял 0,26 на 100 тыс, а к 7 января он увеличился более чем в четыре раза до 1,15 на 100 тыс.

И это при неплохом проценте полностью вакцинированных детей (17,2% 5-11 лет, 52% - 12-15 лет, 58,1% - 16-17 лет). Что будет в наших реалиях - даже представлять не хочется. Открыть/Комментировать

2022-01-12 15:29:25 Вспышка омикрона в Москве? На первый взгляд всё выглядит однозначно. Резкий скачок заболеваемости. Меньше, чем за неделю, рост вдвое. Скользящее среднее выросло в полтора раза. Кажется, всё явно указывает на омикрон, да и пора бы — волна уже докатилась до Восточной Европы, а в России тихо.

Но я пока не готов спешить с выводами. Безусловно, омикрон давно в Москве, и его рост ожидаем. Но то, что мы принимаем за вспышку, может оказаться артефактом новогодних каникул. Те, кто улетал в праздники за границу, возвращаются → сдают по прибытии тесты (если не привиты) → получают положительные результаты → мы наблюдаем рост выявленных случаев.

Год назад также был всплеск заболеваемости сразу после праздников. В отдельные дни достигал +20−30% к такому же дню прошлой недели, а скользящее среднее росло неделю после конца каникул. Сейчас рост более крутой (+70−140%), более выраженный и будто не тянет на флуктуацию.

Но в лоб сравнивать этот год с прошлым нельзя: ситуация сильно отличается. Покажу на примере нескольких стран дальнего зарубежья из числа наиболее популярных направлений среди москвичей (по внутренним данным Авиасейлс):

• Турция. Заболеваемость год назад: 145 случаев на 1 млн, доля позитивных тестов — 7%, спад волны. Заболеваемость сейчас: 700 случаев на 1 млн, позитивность 16%, тренд растущий, очень быстрый рост.

• Венгрия. Год назад: 180 случаев на 1 млн, сейчас — 450 на 1 млн. Позитивность год назад 12%, сейчас — 23%. Год назад: минимум после первой волны, сейчас — фаза активного роста.

• Греция. Год назад: 65 случаев на 1 млн, сейчас — 3300 на 1 млн. Позитивность год назад 3%, сейчас — 10%. Тренд сейчас растущий, год назад заболеваемость была на минимуме.

То есть заболеваемость в странах, куда москвичи летали отдыхать на праздники, сейчас в разы (а где-то и на порядок) выше, чем год назад. И это одна сторона медали. А ещё одна — пассажиропоток.

Зимой 2020 года международных рейсов было в разы меньше, многие страны были закрыты, со многими и вовсе отсутствовало авиасообщение. Сейчас ситуация иная.

Вот данные от Домодедова: пассажиропоток на маршрутах дальнего зарубежья в праздники вырос в 2,5 раза по сравнению с прошлым годом, до 122 тыс. пассажиров.

А вот Шереметьево: говорят про 500 тыс. пассажиров, летавших за рубеж, только за праздники. Общий пассажиропоток по сравнению с тем же периодом прошлого года вырос на 96%.

Во Внуково скромней: общий пассажиропоток в праздники вырос на 26% к прошлому году, до 568 тыс. пассажиров. На дальнее зарубежье приходится, по моим расчётам, около 15%. Так, речь идёт минимум о 85 тыс. пассажиров на международных рейсах за праздники.

Короче говоря: вероятность завоза ковида из-за рубежа сейчас и год назад попросту несопоставима. Сейчас этот риск выше в разы. Поэтому и большее число выявленных, и более крутой рост после праздников, чем в прошлом году, может объясняться просто резко выросшим числом завозов.

Чтобы оценить возможные масштабы завоза, вспомним несколько случаев:

• Два знаменитых рейса из ЮАР в Нидерланды в конце ноября. Из 624 пассажиров ковид-положительными оказались 10% — 61 человек. Как минимум у 18 из них подтвердили омикрон.

• Свежее из Тайваня. Из 219 путешественников 17 оказались положительными — почти 8%.

• У 10% пассажиров рейса из Майами в Израиль также оказался ПЦР+, это 17 человек из 175. Это было три недели назад, когда в Майами только начинался взрывной рост.

• Возможно, вы слышали про случаи в Индии, когда на двух рейсах из Италии положительными оказались по 80% пассажиров. Там, похоже, произошла ошибка лаборатории, а реальная доля ковид-позитивных около 8%.

Теперь вспоминаем пассажиропоток, оцениваем число вернувшихся москвичей, прикидываем объёмы тестирования — и примеряем на них высокую позитивность.

Значит ли это, что на самом деле вспышки нет, а перед нами флуктуация, связанная с выходными? Не значит. Но только по заболеваемости делать сейчас выводы о вспышке омикрона опрометчиво.

Есть другие сигналы, которые указывают на то, что Москва, вероятно, сейчас в начале волны омикрона (но с оговорками). Об этом позже.

@dragan_covid Открыть/Комментировать