Драган про ковид

2022-01-21 14:01:41 Датчане опубликовали исследование о тяжести омикрона. Там без сюрпризов: подтверждаются выводы других аналогичных исследований. С омикроном реже госпитализируются, чем с дельтой, и меньше проводят времени в больницах. Но снижение риска достаточно скромное.

→ Главное

• При омикроне риск госпитализации ниже на 36% по сравнению с дельтой (95% ДИ 25−44%). Риск снизился и для привитых, и для непривитых.

• Длительность госпитализации с омикроном заметно ниже: в среднем 15 часов (IQR 6−41), тогда как для дельты медиана была 39 часов (IQR 10−125).

• Привитые попадали в больницу на 75% реже непривитых (95% ДИ 0,22−0,27).

• Госпитализированные с омикроном реже попадали в реанимацию: таких оказалось 2,7% от госпитализированных (с дельтой 8,1%). Но это может быть связано с выборкой: заболевшие омикроном были моложе и имели меньше сопутствующих заболеваний.

• При омикроне частота реинфекций в разы выше: 5,5% против 1,3% для дельты.

→ Кого исследовали

189 тыс. заболевших с 21 ноября по 19 декабря, когда >95% положительных тестов перепроверялись с помощью омикрон-специфичного ПЦР. Среди них госпитализировали 2435 человек (1,3%), с омикроном — 222 (9,1%). Учитывались только госпитализации по причине ковида.

В исследовании сделана поправка на статус реинфекции, пол, возраст, регион, сопутствующие заболевания и календарную неделю. Есть стратификация по статусу вакцинации.

→ Сравнение с прошлыми вариантами

Это уже третье такое исследование от датчан: ранее выходили публикации по альфе и дельте. Так мы можем оценить риск госпитализации с омикроном по сравнению не только с дельтой, но и с прошлыми вариантами. У всех трёх исследований — одни авторы, одна методология и одни критерии.

• В первой статье анализировали альфу. Риск госпитализации по сравнению с другими линиями оказался на 42% выше (95% ДИ 1,25−1,60).

• Во второй статье разобрали дельту. Она приводила к госпитализации в 2,83 раза чаще, чем альфа (95% ДИ 2,02−3,98).

Что значит уменьшение риска для омикрона на 36% против дельты? Это даёт более высокий риск госпитализации как по сравнению с диким типом, так и по сравнению с альфой. Если с альфой в больницы попадали в 1,42 раза чаще, чем с другими вариантами, то с омикроном — ещё в 1,8 раза чаще, чем с альфой.

И это то, о чём я писал ещё месяц назад в разборе британского исследования. Да, омикрон менее опасен, чем дельта, но более опасен, чем альфа. Возможно, у датчан оценка рисков для дельты преувеличена (небольшая выборка и широкий ДИ), и поэтому риск госпитализации с омикроном будет ниже, чем 81% против альфы — на английских, шотландских и канадских данных выходил диапазон от 11 до 36%. Но даже при применении нижних границ интервалов мы получаем однозначно повышенную опасность омикрона по сравнению с альфой.

Из хорошего: длительность пребывания в больнице с омикроном ниже. Доля пациентов, требующих реанимации, при омикроне также заметно ниже — и это то, что мы наблюдали на примере других стран: относительная нагрузка на реанимационные койки сильно уменьшилась по сравнению с дельтой. А вот нагрузка на амбулаторное звено, приёмные отделения и стационары в целом — выросла.

→ Про тестирование в Дании

Это исследование ценно ещё и широким охватом заболевших. В Дании недоучёт заболевших один из самых низких в мире. Здесь тестируют всех, кто обращается к врачу с симптомами ОРВИ. Также каждому доступны бесплатные ПЦР: можно записаться онлайн в любой из 445 пунктов и прийти в удобное время. Проводятся и регулярные скрининги в школах и на рабочих местах.

С 21 ноября по 19 декабря в Дании около 25% населения еженедельно проходило ПЦР-тестирование. Также здесь делают более 1 млн экспресс-тестов в неделю (в первую неделю 1 млн, в последнюю — 1,7 млн).

Выявляемость в Дании очень высокая: сероопросы показывают, что на каждый выявленный случай приходится от 0,5 до 0,9 не выявленных.

Вместо выводов — слова авторов исследования: «Однако, даже если риск госпитализации с омикроном ниже, чем с дельтой, его обширное распространение может быстро перевесить любые преимущества потенциально меньшей тяжести болезни».

@dragan_covid Открыть/Комментировать

2022-01-20 22:57:47 Не только Дания: в Норвегии также отмечают быстрый рост подлинии BA.2. 4 января, когда на омикрон приходилось 89% случаев, было обнаружено всего 7 образцов BA.2. Спустя 2 недели выявили уже 611 случаев. Большинство из них — в Осло.

«Эта подлиния сильно растёт по сравнению с исходным омикроном, BA.1. Свойства BA.2 неизвестны, кроме того, что он более заразен, чем BA.1, быстро растёт в Дании и Швеции и, предположительно, вытесняет его», — пишет Норвежский институт общественного здравоохранения FHI в еженедельном отчёте.

Называть BA.2 «подвариантом» омикрона не вполне корректно, указывает Кэролайн Брэгстад, старший научный сотрудник в FHI. Это не то же самое, что подлинии дельты: BA.1 (оригинальный омикрон) и BA.2 слишком сильно отличаются друг от друга.

Предварительный датский анализ не показал разницы в доле госпитализаций для BA.2 по сравнению с BA.1, но для выводов рано. Датчане сейчас исследуют свойства BA.2: оценивают его инфекционность, эффективность вакцин, течение болезни.

С новым омикроном нас. Открыть/Комментировать

2022-01-19 23:34:04 А вот и Дания, которая пошла на второй круг. После наметившегося было быстрого спада в стране началась новая волна омикрона.

Причина этому, по-видимому, вариант BA.2 — подлиния омикрона, которая сильно отличается от оригинального варианта BA.1 (отличных от BA.1 мутаций в спайке больше, чем у дельты по сравнению с диким типом). Сейчас этот вариант доминирует в Филиппинах и в Дании — на то, чтобы занять более 50% и вытеснить BA.1, у него ушло меньше месяца. Он активно распространяется в Швеции, занимает высокую долю в Индии, распространяется по ЮАР. А ещё проникает в разные страны и начинает расти: в Израиле, Англии, США, Норвегии, Франции, Таиланде, Новой Зеландии — повсюду.

В Дании начало доминирования BA.2 совпало с возобновлением быстрого роста. Скользящее среднее уже на 35% выше максимума волны BA.1. Заболеваемость последние дни прибавляет по 10−15% в сутки, и рост ускоряется.

Подробнее про BA.2, что о нём известно и чего от него ожидать — в ближайшие дни.

@dragan_covid Открыть/Комментировать

2022-01-19 22:54:45 Волна омикрона за 3−4 недели достигает вершины, пик длится меньше недели, затем спад. Это хорошие новости (подробнее в прошлом посте), а теперь — обещанная ложка дёгтя. Увы, не одна.

1. Спад происходит медленней по сравнению с ростом. В ЮАР, где снижение продолжается уже 33 дня, заболеваемость снизилась в 6 раз — в фазу роста от аналогичного уровня ЮАР поднялась вдвое быстрее, за 16 дней. При этом первые две недели после пика мы наблюдали U-образную волну, далее спад резко замедлился. Сейчас в республике выявляют в 13 раз больше заболевших, чем в начале волны омикрона — до фонового уровня ещё далеко.

2. По другим странам и регионам судить рано, но если такая динамика повторится, то в фазе спуска суммарно заболеет больше людей, чем во время роста и на пике.

ЮАР — удобный пример: за 30 дней в фазу роста здесь выявили 199 тыс. случаев, за 3 пиковых дня — 67 тыс., а за последующие 33 дня спада — уже 348 тыс. случаев. Уже после прохождения пика в ЮАР заболело на 31% больше людей, чем во время роста и на пике. И эту закономерность показывают все южноафриканские провинции: спад везде более пологий по сравнению с ростом.

3. Переболеют ли в итоге все (или, как заявляет ВОЗ, 50% за 6-8 недель)? Это я подробно разобрал в прошлом посте: вероятно, даже близко никакого переболевшего большинства по итогам омикронной волны не будет. Реально за эту волну — с учётом продолжительного спада — инфицируется, похоже, максимум 30−40% населения.

Привет всем, кто ожидал, что на этом пандемия и закончится и других волн не будет. К слову, в Британии учёные из SAGE ожидают следующей волны омикрона в начале лета. Отдельный привет тем, кто убеждает других, что омикроном неизбежно заразятся все, а значит, и какие-либо меры и осторожность излишни.

4. Рассчитывать на то, что все сейчас переболеют мягким омикроном, массово иммунизируются, и на этом всё закончится, возможно, также слишком опрометчиво. На днях вышел препринт исследования, проведённого на мышах, который показал: перенесённый омикрон усиливает ранее существовавший иммунитет (вакцинный или постинфекционный), но сам по себе не даёт эффективной перекрёстной нейтрализации против других вариантов. Речь именно о гуморальном (антительном) иммунитете, и исследование вызывает много оговорок. Но если так, то новость плохая: если омикрон переносят непривитые и не болевшие, это не даёт им защиты от других вариантов (в том числе и от дельты).

В декабре также вышло исследование на выборке из 15 пациентов из ЮАР, госпитализированных с омикроном. Исследование также показало, что с перекрёстным иммунитетом после омикрона всё сложно. У 2 из 4 непривитых, у которых выработались нейтрализующие антитела к омикрону, нейтрализации дельты не произошло.

«Многие из непривитых, переболев омикроном, не получат защиту от заражения дельтой. В общем-то этого можно было ожидать, зная огромную разницу между эпитопами этих штаммов, но подтвердить такие неприятные предсказания — невесело», — пишет молекулярный генетик Дима Прусс.

5. И, возможно, самое неприятное: есть риск двойной волны омикрона, и это связано с распространением подлинии BA.2 (тогда как до этого мы имели дело с BA.1). По-видимому, именно это сейчас происходит в Дании, где наметившийся было спад сменился неожиданным разворотом и резким ростом заболеваемости с несколькими рекордами подряд. Больше недели BA.2 доминирует в Дании.

А ещё, возможно, то же самое начинается и в Великобритании, где за последние три дня начался разворот заболеваемости после непрерывного 12-дневного спада. Но возможно, пока это только артефакт — поймём позже.

@dragan_covid Открыть/Комментировать

2022-01-19 22:21:35 Омикрон распространяется с фантастической скоростью, и на пике число выявленных случаев может достигать 0,3−0,4% населения (если речь про страну с широким и доступным тестированием). Каковы прогнозы? Переболеют ли в итоге все (или, как заявляет ВОЗ, 50% за 6-8 недель)?

Вероятно, даже близко нет. Оценить реальную долю переболевших невозможно — тем более при таком росте и дефиците тестирования, с которым столкнулись в эту волну все до единой страны. Здесь возможны только приблизительные оценки в широком коридоре, и сразу оговорюсь: они грубы и могут быть ошибочными. Возьмём UK.

С 1 декабря по 18 января было выявлено около 4,26 млн случаев омикрона (это с поправкой на его рост и постепенное увеличение доли SGTF в образцах) — это соответствует 6,4% населения. По оценкам Имперского колледжа Лондона, исторически на один выявленный случай может приходиться два не выявленных (правда, чем мотивированы такие оценки — не поясняется).

Та же оценка сохраняется и для омикрона, если сопоставлять число выявленных случаев и данные опросов ONS (британской Национальной статистической службы).

ONS исследует распространённость ковида в популяции. Служба проводит ПЦР-тесты на случайных выборках, которые представляют собой репрезентативный срез популяции. В неделю ONS тестирует около 100 тысяч случайных людей. На основе результатов взятых мазков в такой выборке ONS даёт оценки того, какая доля населения в каждой британской стране болеет прямо сейчас.

Две недели назад ONS оценивал число болеющих в Лондоне в 10%, в Англии — в 7%. На конец декабря в Англии, согласно моделированию ONS, заражалось в среднем 0,73% населения в сутки — 411 тыс., в то время как реально выявлялось втрое меньше — 140 тыс.

Эта соотношение стабильно — и существенно не поменялось даже с распространением омикрона: выявляется около 30−35% инфекций (это характерно как для Лондона, так и для остальной Британии).

Если так, то на настоящий момент в UK омикрон перенесло 19−22% населения, а сейчас, на спаде, ежедневно заболевает 0,4−0,5% населения.

Хотя бы 50% переболевших при такой динамике будет достигнуто только через 10 недель — это при условии крайне высокого плато с заболеваемостью 0,4% населения в сутки (и с выявлением 0,15%, т.е. более 100 тыс. новых случаев ещё 2,5 месяца подряд), а это представляется очень маловероятным.

Как изменится оценка, если допустить, что методология ONS неожиданно дала сбой, а выборки перестали быть репрезентативными, и недоучёт вырос в полтора раза, до 1:5? Это будет значить, что с начала декабря в UK омикроном переболела треть населения. При сохранении высокого плато и такого же недоучёта 50% перенесших омикрон можно было бы ожидать самое раннее к весне.

Так или иначе, мы получаем вероятный коридор в 19−32% инфицированных омикроном в Британии за прошедшие полтора месяца (и 14−23% за период роста и пика). Учитывая данные ONS и недоучёт в 3,5, более реальной кажется нижняя граница.

Это была первая ложка дёгтя. Но есть ещё причины, по которым, несмотря на крайне интенсивную и быструю волну омикрона, со стремительным ростом и узким пиком, вряд ли удастся быстро отмучаться. О них дальше

@dragan_covid Открыть/Комментировать

2022-01-19 20:42:37 Сколько длится волна омикрона, каковы пределы её высоты и насколько быстро она снижается после прохождения пика? Есть новости и хорошие, и не очень.

Из хороших новостей: пик достигается быстро. Волна омикрона растёт стремительно, за 2,5−3 недели заболеваемость вырастает на два порядка — до 0,3−0,4% заболевшего населения в сутки (в странах с широко развёрнутым и доступным тестированием). Движение к пику занимает несколько недель, пик узкий и острый, вскоре после него начинается спад.

Стран, уже прошедших пик омикрона, пока немного, но везде картина одна.

→ Где произошёл разворот?

• В ЮАР, разумеется. Рост начался 16 ноября — а ровно через месяц республика вышла на пик случаев, после чего заболеваемость стала снижаться. Это не лукавство статистики — это подтверждает и мониторинг вируса в сточных водах: от начала роста до выхода на пик проходит от 3 до 5 недель.

Вместе с тем, нагрузка на больницы остаётся заметной: во всей ЮАР сейчас с ковидом 7,4 тыс. пациентов в больницах — в 3,5 раза больше, чем перед началом волны омикрона. Это всего на 27% меньше, чем на пике омикрон-волны — 22 декабря в больницах ЮАР было 9,4 тыс. пациентов (вдвое меньше, чем на пике дельты), нагрузка на больницы снижается медленно. Пациентов в реанимациях и на ИВЛ сейчас значительно меньше, чем в прошлые волны.

• Великобритания. Быстрый рост среднего начался в районе 10 декабря, когда омикрон давал 20% случаев, пик пришёлся на 1 января — ровно через три недели. Нагрузка на больницы начинает снижаться только сейчас. Занятый коечный фонд достиг уровня 90% от пика первой волны, марта-апреля 2020, и уровня 50% от пика прошлогодней зимней волны, вызванной альфой. Пик осенней дельта-волны превышен в 2 раза.

На британский спад наложилась активная прививочная кампания: только за декабрь в Великобритании сделали 15 млн бустеров. В Англии к началу января от 80 до 90% пожилых получили третью дозу.

• Развернулась и Ирландия: движение к пику заняло ровно три недели — от 18 декабря до 8 января.

Ту же динамику показывают и американские штаты.

• В Нью-Йорке быстрый рост начался 14 декабря, пик — ровно через три недели, 4 января. Новые госпитализации достигли пика 7 января, занятый коечный фонд — 11 января. Последнюю неделю нагрузка на больницы постепенно снижается, число пациентов в реанимациях, превысившее пик прошлой зимы, — тоже.

• В Миннесоте концентрация вируса в сточных водах начинает быстро расти 22 декабря, выход на пик занял почти три недели — 10 января. Заболеваемость в штате отстаёт на неделю, три дня назад начался спад.

• Похожая картина в Массачусетсе. Быстрый рост концентрации вируса в сточных водах, который ассоциируется с вспышкой омикрона, начинается 16-17 декабря и достигает пика 6 января — всё те же три недели. Выявленные случаи отстают в среднем на 5 дней.

• В столице штата Айова, городе Де-Мойн, рост также занял три недели.

Если смотреть агрегированные данные, то по США в целом быстрый рост вирусной нагрузки в сточных водах начался 10−15 декабря, пик пришёлся на первую неделю января. Движение также заняло три недели.

Примеры можно продолжать и дальше, но в этом нет необходимости. Общая тенденция: от начала взрывного роста до пика проходит в среднем около 3−5 недель, пик длится в среднем 4−5 дней, затем начинается спад.

При высокой фоновой заболеваемости начало роста омикрона замаскировано дельтой, поэтому интенсивный рост, заметный в статистике, начинается при доле омикрона в 20−25% — и от начала такого роста до пика проходит около 3 недель.

При низком фоне (как было в ЮАР) рост занимает 4−4,5 недель.

Быстрое достижение вершины и непродолжительный пик— это прекрасная новость. К сожалению, есть тут и ложка дёгтя: это не значит, что получится быстро отмучаться и прожить короткую волну. Об этом ниже

@dragan_covid Открыть/Комментировать

2022-01-18 02:51:53 Манаус, Бразилия. Новые госпитализации в логарифмической шкале. Год непрерывного спада сменился резким ростом — более крутым, чем когда-либо. Всего за неделю госпитализации выросли в 10 раз и превысили максимум последних 10 месяцев. Подробнее о ситуации в Манаусе — в этом тексте. Открыть/Комментировать

2022-01-18 02:49:20 Манаус, Бразилия. Суточные госпитализации выросли в 10 раз за неделю: от 4−5 на протяжении нескольких месяцев до 41 (и это запаздывающее скользящее среднее). В конце прошлой недели в Манаусе госпитализировали уже свыше 60 человек в сутки. Подробности — в этом тексте. Открыть/Комментировать

2022-01-18 02:46:06 Тем временем в оплоте коллективного иммунитета — бразильском Манаусе — с этим самым коллективным иммунитетом в очередной раз что-то произошло.

В начале января Манаус вступил в третью волну эпидемии. Ей предшествовал целый год без подъёмов и вспышек. Год непрерывного спада, год спокойствия после кошмарной прошлой волны и тысяч смертей от удушья и острого дефицита кислорода в городе. Год назад к этому привёл вариант гамма, P.1 — он был более заразен и частично ускользал от иммунитета.

А сейчас в Манаус пришёл омикрон.

И если последний год заболеваемость, а с ней госпитализации и смертность, непрерывно снижались, то в январе начался взлёт.

Ещё в первую декаду января в Манаусе госпитализировали в среднем по 4-5 человек в сутки. Всего за неделю скользящее среднее выросло в 10 раз — до 41. За прошлую неделю в Манаусе в больницы попало столько же человек с ковидом, сколько за два предшествующих месяца.

За несколько дней город достиг уровня конца февраля 2021 года — и госпитализации продолжают быстро расти.

Доля госпитализаций от новых случаев высокая: на прошлой неделе в больницы Манауса попало 9,4% от тех, у кого выявили ковид в штате Амазонас за 5 дней до этого. Годом ранее на том же этапе волны, при том же уровне госпитализаций, в больницы попадало всех 6% от выявленных (с лагом в 5 дней).

Сейчас в штате Амазонас занято 85% выделенных под ковид коек и 50% реанимационных коек. Частные больницы уже перегружены и начинают приостанавливать медпомощь для пациентов без респираторных симптомов. В других больницах время ожидания неотложной помощи выросло втрое. Иные и вовсе перевели полностью под ковид.

Впрочем, в Манаусе, наученные горьким опытом и катастрофической второй волной, почему-то не доверяют омикрону как «живой вакцине» и вместо этого предпочитают вакцину неживую. В десятках супермаркетов открывают пункты вакцинации и активно стимулируют прививочную кампанию, несмотря на то, что привито уже 82% жителей города старше 12 (во всём штате — 71%). Но даже при высокой защите групп риска (в штате привито свыше 95% жителей 60+, с бустерами — почти половина) они составляют треть от всех госпитализированных.

В целом по популяции привитые составляют всего 21% от всех госпитализированных. 52% привиты Астразенекой, 25% — инактивированным Синоваком, 23% — Файзером.

Но даже в Манаусе не рассчитывают обойтись одной вакцинацией.

В Манаусе уже с начала волны вводят меры:

• Объявили экстренный найм временных медработников (рассматривают только тех, у кого уже стоит бустер и кто не входит в группу риска). Только на этой неделе планируют нанять 500 медработников.

• Отменили отпуска для медработников и наращивают койки.

• Открыли новые центры тестирования — все переполнены, а в некоторых центрах 75% тестов оказываются положительными. Из аптек сметают антиген-тесты.

• Перевели на удалёнку всех муниципальных служащих.

• Отменили карнавал — грандиозный местный праздник, который в Манаусе проводят с середины 19 века.

• Запретили все массовые общественные мероприятия и резко ограничили частные мероприятия, штраф за нарушение — от 50 до 500 тыс. реалов, что эквивалентно $9−90 тыс. (Роспотребнадзор, ау?)

• Перенесли начало учебного года (Москва, ау?).

• Начали вакцинацию детей от 5 до 11 лет. В группе 12-17 привили уже 41% (Минздрав, ау?).

Кажется, в Манаусе после гуманитарной катастрофы прошлой зимы больше не полагаются коллективный иммунитет.

И только в российских регионах рассчитывают достичь коллективного иммунитета к началу вспышки омикрона — и отчего-то считают, что в запасе есть ещё целый месяц.

Тем временем в России не защищены даже группы риска: на конец года в категории 60+ вакцинировали всего 67%. В Москве и того хуже: на конец декабря однократно привито было всего 1,4 млн москвичей старше 60. Это за год. Всего 46% пожилых жителей Москвы, среди которых 70% привили более полугода назад. А с бустерами, которые значительно повышают защиту как от заражения, так и от госпитализации, всего 15%.

Ни вакцинации, ни мер.

Оправдан ли расчёт на коллективный естественный иммунитет?

@dragan_covid Открыть/Комментировать

2022-01-16 04:51:13 Как происходит передача омикрона по воздуху — на примере двух номеров в карантинном отеле в Гонконге. Подробности эпидрасследования — в этом тексте. Открыть/Комментировать