Драган про ковид

2021-12-06 21:09:57 Словно бы в подтверждение гипотезы о мягком, добром омикроне возникают и форсятся ещё и вот такие новости:

«Омикрон позаимствовал часть генетического материала обычной простуды. Благодаря этому коронавирус стал «человечнее» и не должен вызывать тяжёлого течения болезни».

Новость подхватили десятки СМИ — от МК до РБК, и везде сквозит одно и то же: «Это может означать, что вирусу стало проще попадать из организма в организм, но при этом заболевание будет протекать легко или бессимптомно». Как будто бы прекрасно объясняет первые сообщения из ЮАР о «мягком омикроне», да?

На деле это мало связано с реальностью. О чём на самом деле это исследование, на которое все ссылаются, и как всё обстоит на самом деле — объясняет американский генетик Дмитрий Прусс:

Это очень далеко от истины. Да, маленький кусочек S-белка Омикрона (три десятых процента этого белка) может оказаться заимствованием из аналогичного гена коронавируса простуды, только если это так, то эти "буквы кода" попали в Омикрон, перевернувшись вверх тормашками (не из той цепи РНК, которая на самом деле кодировала белок, а из противоположной). У Омикрона эта вставка в S-белок читается EPE, а у вируса простуды читалась PWS.

Прочитать кусочек кому-то полезной инструкции вверх ногами и задом наперед, это совсем не то же самое, что использовать чей-то код с пользой.

А насчет "кражи у другого вируса" и без того есть сомнения, потому что такой же кусочек кода есть и в человеческом геноме (как авторы и сами признают), и ходить за ним далеко не надо.

Новый препринт показывает, что примерно половина вставок в разных линиях коронавируса - из человеческого генома, а другая половина - из генома самого коронавируса

О том же пишет и профессор Оксфорда Арис Кацуракис, специалист в области эволюции вирусов и геномики. Рассматривать эту гипотезу всерьёз нет никакого смысла, говорит Арис, и совпадение трёх аминокислот — это даже близко не доказательство рекомбинации между омикроном и HCoV-229E (тем самым простудным коронавирусом). «Это просто случайное совпадение короткой аминокислотной последовательности». Алексей Мерц, профессор биохимии из Орегонского университета здравоохранения и науки (OHSE), выразился короче и проще: «Эта статья — совершенный мусор».

Тем временем число госпитализаций с мягким, добрым омикроном в южноафриканском Гаутенге выросло в 12 раз за 3 недели, число пациентов на кислороде — в 3 раза за две недели, число занятых реанимационных коек — в 2,5 раза за последнюю неделю. И это ещё неполные данные — госпитальная статистика по ЮАР сильно запаздывает. Открыть/Комментировать

2021-12-06 00:57:53 Очень мягкий рост смертности в Гаутенге, ЮАР — такой же мягкий, как и омикрон:

• Неделя 44 (1-7 ноября): 18 ковидных смертей

• Неделя 45: 18 смертей. Здесь началась вспышка в Университете Претории, позднее связанная с омикроном

• Неделя 46: 14 смертей

• Неделя 47: 25 смертей. Здесь обнаружили омикрон, а через несколько дней он обзавёлся статусом VOC и своим именем, а ЮАР — массовым трэвел-баном. Вскоре появляется Анжелика Кутзи с заявлениями про «мягкий» и добрый омикрон, с которым никто даже в больницы не попадает

• Неделя 48 (прошедшая): 43 смерти

Как я писал ещё в середине недели, начинается разворот тренда — и смертность вскоре пойдёт в рост. Я прогнозировал +75-100% по итогам недели, вышло +72% (43 ковидные смерти против 25 за неделю до этого). Источник — Минздрав ЮАР. Просто напомнить: 68% всех, кто попадает в больницы в Гаутенге — это дети и молодые до 40 лет.

Дальше, по-видимому, нам будут рассказывать, что:
1. Какие ваши доказательства, что это всё умершие от омикрона, если и в ЮАР подтверждено всего 228 случаев, и сама ВОЗ заявляет, что в мире никто от омикрона не умер? Здесь просто напомню, что уже в ноябре в Гаутенге доминирует именно омикрон, и это не артефакт смещённой выборки.

2. Разве это рост? Смертей пока немного, и вообще CFR ниже, чем в прошлые волны — что, очевидно, должно успокаивать и подводить к мысли, что у нас таки состоялось торжество эволюции и омикрон превратился в простуду. Однако чем объяснить относительно низкий пока CFR — и почему, вероятно, так продлится недолго — я подробно разобрал в сегодняшнем тексте. Открыть/Комментировать

2021-12-05 18:46:10 Новый отчёт об омикроне из ЮАР обнадёживает — и подводит к оптимистичным выводам. Летальность в эту волну сильно снизилась. Пациентов на кислороде стало намного меньше, а привитых среди них практически нет. И вообще людей госпитализируют по другим причинам — а коронавирус у них находят совершенно случайно.

К сожалению, с этим отчётом (и с данными, которые там приводятся) есть ряд очень серьёзных проблем. О чём нам на самом деле говорит этот отчёт и почему для оптимизма рановато — в этом тексте. Открыть/Комментировать

2021-12-03 12:38:09 Данные по ЮАР передаются в NICD с временным лагом (к счастью, не 2-3 месяца, как в некоторых других странах), так что динамика госпитализаций в сопоставлении с предыдущими волнами после апдейта выглядит так же удручающе, как и динамика новых случаев. Очень опасный вариант, очень плохая волна, и очень глупый wishful thinking опять случился с миром.

Новые данные из ЮАР, общая ситуация тремя строками:

30 ноября - 4373 новых случая, 10,7% коэффициент позитивности, 2414 (+86) в стационарах, 234 (+1) в ОРИТ, 21 умерший
1 декабря - 8561 новый случай, 16,5% коэффициент позитивности, 2550 (+136) в стационаре, 235 (+1) в ОРИТ, 28 умерших
2 декабря - 11535 новых случаев, 22,4% коэффициент позитивности, 2904 (+274) в стационаре, 262 (+1) в ОРИТ, 44 умерших

При таком высоком коэффициенте позитивности можно предполагать высокую долю симптомных случаев - и значительное число бессимптомников/досимптомников, которых мы не видим.

Следующая неделя в ЮАР - выходные дни. Храни их Господь, конечно. Открыть/Комментировать

2021-12-02 14:05:10 Картинки к предыдущему посту:

1. Динамика позитивности тестов в провинции Гаутенг (по неделям).

2. Динамика позитивности по провинциям ЮАР.

3. Скорость прироста выявленных случаев в Гаутенге (изменение за неделю). Открыть/Комментировать

2021-12-02 14:03:23 Ситуация в ЮАР быстро ухудшается:

• Вчера выявили 8,5 тысяч случаев — это вдвое больше, чем за день до этого, и в 3,7 раза больше, чем неделей ранее. Скользящее среднее выросло за неделю в 4,9 раз.

• И дело не в том, что тестировать стали больше: доля позитивных тестов за вчера выросла до 16,5%. Ещё на выходных было 9%, неделей ранее — 3,6%, две недели назад — 1,6%. Это говорит о том, что заболеваемость растёт ещё интенсивнее — много случаев не попадает в статистику, и мы недооцениваем крутизну волны.

• Эпицентр по-прежнему в провинции Гаутенг: она даёт 70-75% от всех новых случаев. Но в рост пошли и остальные провинции: и выявленные случаи, и позитивность тестов.

• В Гаутенге, по последним данным, доминирует омикрон (исходная выборка случайная — более сотни образцов из 30 больниц).

• Динамика нехорошая. В провинции идёт рекордный прирост доли позитивных тестов: за последнюю неделю +238%, за неделю до этого +327%. Прошлый рекорд был в июне 2020 — тогда было +115%.

• Рост выявленных случаев также рекордный за всю эпидемию.

• График госпитализаций в Гаутенге также показывает удвоение каждую неделю (на прошлой неделе x2,5) — такого не было в прошлые волны.

• Уже сейчас видно, что четвёртая волна — круче прошлых трёх, в том числе рекордной дельта-волны, из которой ЮАР вышла всего 2,5−3 месяца назад.

• Вспышка омикрона начиналась с округа Тшване в провинции Гаутенг — именно на этот округ в последние недели приходилось 70-80% всех госпитализаций в провинции. Если смотреть на то, как менялась позитивность тестов в других округах, то хорошо видно, как вспышка движется с севера на юг: растут выявленные случаи, доля положительных тестов, а за ними — и госпитализации.

• Сейчас в Тшване позитивность достигла 50% — положительным оказывается каждый второй тест, что говорит о серьёзном недотестировании. Позитивность быстро растёт в соседних округах, особенно в Экурхулени и Йоханнесбурге.

• Анализ сточных вод на вирусную нагрузку также указывает на интенсивный рост заражений. С 43 недели (последняя неделя октября) начала быстро расти вирусная нагрузка в сточных водах в Тшване — причём рост идёт в несколько раз быстрее, чем при дельта-волне. С 45 недели начался рост в Экурхулени.

• Последовательность следующая: сначала растёт вирусная нагрузка в сточных водах → затем следует рост кейсов и доли позитивности → затем госпитализации → затем смерти.

• Про нехорошую динамику госпитализаций в Гаутенге я писал несколько дней назад (последнее обновление: ×5,5 за две недели, много молодых и детей с тяжёлым течением без коморбидных факторов). Предварительные данные понедельника-среды показывают, что быстрый рост продолжается — уже за первую половину этой недели госпитализировали больше, чем за всю прошлую.

• К слову, в Гаутенге уже начинает расти смертность — на основе неполных данных за понедельник-среду я ожидаю минимум +75-100% умерших по итогам недели.

• Виден разворот тренда и начало роста госпитализаций ещё в пяти провинциях. Активнее всего — в провинциях Лимпопо, Мпумаланга и в Северо-Западной провинции. В меньшей мере — в Квазулу-Натал и Фри-Стейт.

• По-видимому, в ближайшие недели две пойдут в рост госпитализации в оставшихся провинциях: в Северном, Западном и Восточном Кейпе.

Extremely mild increase. Открыть/Комментировать

2021-11-30 14:34:12 Три графика, упомянутых в прошлом посте:
1. Динамика госпитализаций в провинции Гаутенг (ЮАР).

2. Изменение динамики госпитализаций по сравнению с прошлой неделей.

3. Доля тяжёлых случаев среди госпитализированных в округе Тшване. Открыть/Комментировать

2021-11-30 14:33:29 Пока все радостно обсуждают, как аттенуировался коронавирус, и как же нам повезло, что омикрон превратился в безобидную простуду с мягкими симптомами на два дня и отсутствием госпитализаций, в Гаутенге (ЮАР) всё не так радужно.

• Обновились данные по госпитализациям за прошлую неделю. Там нехорошо: госпитализации выросли в 4,8 раза за 2 недели, со 136 до 647. Темпы роста пока рекордные с начала эпидемии (более 100-130% в неделю, все графики ниже), идёт ускорение.

• На середину вторника уже 200 новых госпитализаций — 31% от всех госпитализированных за всю прошлую неделю. Ускорение продолжается.

• 2/3 госпитализированных (68%) — это дети и молодёжь до 39 лет. Исторически в Гаутенге на эту группу приходилось в среднем 31% госпитализированных, в 2,2 раза меньше, чем сейчас. Чаще всего сейчас попадают в больницы дети до 2 лет и люди 28-38 лет.

• И это не госпитализации «на всякий случай». В округе Тшване, где сейчас эпицентр вспышки, 25-30% попадают в больницу с тяжёлым течением — и это во всех группах до 60 лет. В группе старше 60 таких 35-45%.

• В самом Тшване 10% госпитализированных — это дети до 2 лет, и для них в округе уже готовятся разворачивать дополнительные педиатрические койки.

Если это и friendly mutant, как его радостно окрестили СМИ, то не для всех, и ни на какой «very good Christmas present» он не тянет. Открыть/Комментировать