Получи случайную криптовалюту за регистрацию!

Бiоинформатика и лапки

Логотип телеграм канала @biolapki — Бiоинформатика и лапки Б
Логотип телеграм канала @biolapki — Бiоинформатика и лапки
Адрес канала: @biolapki
Категории: Технологии
Язык: Русский
Количество подписчиков: 1.52K
Описание канала:

How to do bioinformatics if you have lapki?
Русское Темное Просвѣщеніе.
Финальная битва между CRISPR и бразилизацiей.
Информацiя о каналѣ: https://gist.github.com/bakirillov/5b34694b2b3c79eb91db505a62507514

Рейтинги и Отзывы

2.00

2 отзыва

Оценить канал biolapki и оставить отзыв — могут только зарегестрированные пользователи. Все отзывы проходят модерацию.

5 звезд

0

4 звезд

0

3 звезд

0

2 звезд

2

1 звезд

0


Последние сообщения 6

2022-06-17 14:03:01 Радикальный My Little Pony национализм
231 views11:03
Открыть/Комментировать
2022-06-15 09:39:11
Рекомендую, огненно

#мастрид #книголапки
228 viewsedited  06:39
Открыть/Комментировать
2022-06-15 04:43:23 Как нам обустроить русскую науку: часть вторая

Исходя из представлений выше, озвучу следующие рациональные предложения:

Рацпредложение первое: стоит приравнять работы по воспроизведению к работам по поиску новых научных знаний. В идеале — должны появиться целые лаборатории, которые профессионально ориентируются на воспроизведение статей. Здесь поворот прежде всего психологический. Я ожидаю, что учёные, дочитав до этого момента, скажут, что я поехал крышей и что воспроизведение — инженерный вопрос, а не научный. Это совершенно не так. Надо коллективно осознать, что качественное полноценное воспроизведение статьи — не менее почётный результат, чем новое открытие. Вы можете сказать, что это проще, чем открыть что-то новое, поэтому менее ценно — однако нет, не проще. Хороший научный результат, которому можно доверять, достигается тогда, когда его можно воспроизвести разными способами, разными командами, с разным оборудованием и так далее. Это работа другой категории и другого формата, но не менее важная.

Case in point: исходный метод CLARITY был слишком сложен для воспроизведения в лабораториях, кроме лабы Дейзерота. Этот метод стал в миллион раз ценнее, когда в 2014 году его воспроизвели и упростили в одной лабе, а затем в другой и в третьей. Никакого нового фундаментального открытия по методу сделано не было — только коррекции к процедуре для улучшения повторяемости. Тем не менее, научная ценность метода возросла на порядок.

Соответственно, хорошим результатом стало бы появление грантов, ориентированных не на результаты с научной новизной, а на воспроизведение уже полученных результатов.

Рацпредложение второе: публиковать негативные результаты вместе с позитивными, в тех же самых журналах. Под «позитивным» результатом здесь я понимаю полное или частичное соответствие результатов и исходных гипотез. Вопрос непубликации отрицательных результатов мировое научное сообщество пытается решить, делая специализированные журналы, как PLOS One и другие. Это, увы, не работает так, как задумано. Из импакт-фактора и других метрик статистически следует, что такие журналы читают гораздо реже обычных.

Рацпредложение третье: стоит ввести обязательную пререгистрацию научных работ. Как вариант, сформировать единую национальную систему пререгистраций — наши технократы любят единые национальные системы, а конкретно эта к тому же будет полезной. Пререгистрация включает в себя объект исследования, проверяемую гипотезу, минимальный набор методов проверки гипотезы и ожидаемые результаты. Не обязательно ограничиваться описанными методами проверки, но важно зафиксировать гипотезу, ожидания и стартовые подходы. Это требуется в основном для того, чтобы избежать таких сознательных искажений научного процесса, как p-hacking, cherry picking и другие. Соответственно, начиная с какого-то времени, работу без пререгистрации за научную считать не следует. Касаемо поинта «украдут идею и сами сделают раньше ололо» — пререгистрация (через COS и аналоги) считается отдельной научной публикацией. Её можно процитировать, у неё есть DOI. Их, соответственно, тоже почти никто не читает, а зря...

Рацпредложение четвёртое: признать, наконец-то, что научные статьи, как формат передачи научной информации, устарели.
Что такое научная статья сейчас? Это человекочитаемая PDF-ка произвольного формата. В 2к22 году, ага. Было бы круто, чтобы статьи было проще индексировать и анализировать. Они должны сохранить свою человекочитаемость, но при этом их машиночитаемость должна существенно повыситься. Как именно это сделать, пока что не знаю, но энивей, стоит подумать в этом направлении. Я представляю что-то в духе distill.pub, но лучше.

Это не исчерпывающий план спасения русской науки — если вы ждали его, то ждите ещё. Тем не менее, для начала уже неплохо.

Железноповторяемый @biolapki — для Холархии.

Подписаться | Написать нам | Стать патроном
250 views01:43
Открыть/Комментировать
2022-06-15 04:43:22 Как нам обустроить русскую науку: часть первая

Есть пара мыслей на тему того, какие реформы хочется увидеть в качестве «ответки» действиям международных научных организаций после начала спецоперации. Как ни странно, мои идеи с самой спецоперацией, с импортозамещением и с авторским правом (простите, Александра) не связаны. Системные проблемы науки в целом очень глубоки — как в РФ, так и на Западе. Назревшая необходимость реформ даёт уникальный шанс поработать над этим хотя бы в рамках одной страны.

Подвижки в решении таких проблем дадут русской науке конкурентное преимущество перед недружественными странами даже в условиях санкций. Мировое научное сообщество не самоорганизовывается для эффективного решения назревших системных проблем. Этого не происходит, как мне кажется, в первую очередь из-за incentives, которые стоят перед учёными, желающими добиться успеха в науке. Было бы очень неплохо дать локальному, русскому научному сообществу другие incentives — более продуманные.

Да, я не говорю, что было бы неплохо импортозаместить технически отсуверенить журналы и наукометрические системы — это само собой разумеется и очевидно. Также я не говорю, что в журналах необходимо проводить адекватную редакционную политику, иначе журнал превратится в свалку работ всяких гаряевых и чудиновых — это тоже очевидно. Если вы хотите прочитать про это, то откройте другую статью. Тут же будут вещи немного менее обсуждаемые.

Ключевая системная проблема современной науки — воспроизводимость и повторяемость исследований. Широко известно, что до 85% исследований не воспроизводятся — конкретный процент зависит от области. Каждое из невоспроизводимых исследований — мощный удар по научной картине мира. Вот типичный плохой паттерн, повторяющийся постоянно, с разным ресёрчем и в разных областях:

1. Публикуется первое исследование, на малой выборке, с поверхностным анализом, но модными результатами, соответствующими текущим настроениям общества;

2. На базе этого результата формируются гайдлайны для клиник, политические и организационные решения, рекомендации и так далее;

3. Непредвзятые попытки воспроизведения с большей выборкой и более продуманным анализом внезапно проваливаются;

4. Про провал репликаций не знает никто, кроме малого количества специалистов;

5. Плохие рекомендации, организационные решения и гайдлайны остаются таковыми.

Наука крайне посредственно чистит себя от невоспроизводимых работ. Эта проблема тесно связана с другой — отсутствием презентации отрицательных результатов в публичном поле. Было бы очень неплохо, если бы русский учёный добивался успеха в науке только в том случае, если его исследование хорошо воспроизводилось. Независимо от того, был ли достигнут положительный или отрицательный результат.

Текущие incentives учёного описываются тремя словами: «publish or perish». Хотелось бы заменить это на «publish, regardless of outcome, novel research with clearly stated goals, thoroughly explained for anybody to reproduce, or publish a high-quality reproductions of existing research or, if you are unable to, finally perish».

Продолжение следует.

Железновоспроизводимый @biolapki — для Холархии.

Подписаться | Написать нам | Стать патроном
258 views01:43
Открыть/Комментировать
2022-06-12 17:27:13
С днём России!!
682 views14:27
Открыть/Комментировать
2022-06-12 09:49:01 Плотный разъеб дрекслеровщины и ии риска от Молдбага.

https://graymirror.substack.com/p/do-not-punch-rationalists?s=r
234 views06:49
Открыть/Комментировать
2022-06-11 12:53:25 Меня часто спрашивают, почему отзывы Second Referee такие резкие.
Отвечаю – они не понимают ваш manuscript. Они глупцы и outside of their expertise. Они хотят Reject нам, учёным. И пока мы будем Submit, мы будем делать всё, чтобы получить Minor Revision.
241 views09:53
Открыть/Комментировать
2022-06-10 18:12:52 Типичный рабочий день мяучного котрудника, у которого есть стратегические цели в рамках прорывных направлений, норматив по публикациям и дорожная карты развития стартапа (в реальности):

ПРОСНУЛСЯ, ПОПИЛ ЧАЮ ИЗ САМОВАРА С БАРАНКАМИ
@
ПОРАБКОТАЛ
@
ПОКУШАЛ ШПИКАЧЕК С ШАМПУРА
@
ЗАПУСТИЛ АЛЬФАФОЛД ДЛЯ 100500 БЕЛКОВ НА НОУТБУКЕ
@
ПОПАРИЛСЯ В БАНЬКЕ
@
ПОПИЛ ЧАЙКУ С ЧАБРЕЦОМ И МЕЛИССОЙ
@
НА МЕШКЕ ВАЛЯЕТСЯ
627 views15:12
Открыть/Комментировать
2022-06-10 16:42:43 Предсказалки без колаба в скриптах GO BRRRR
386 views13:42
Открыть/Комментировать
2022-06-10 16:36:25 КОТАНЫ, У МЕНЯ ПОЛУЧИЛОСЬ ЗАПУСТИТЬ АЛЬФАФОЛД ЛОКАЛЬНО НА СВОЁМ НОУТЕ ААААААААААА
386 views13:36
Открыть/Комментировать