Для строительства здания Исторического музея был выбран участок, на котором находилось здание Главной аптеки.
С конца XVI века по конец XVII века этот участок находился в распоряжении Земского приказа. В 1699 году была образована бурмистерская палата и для неё построено здание ратуши в стиле московского барокко. На втором этаже здания размещалась Главная аптека. В здании также была открыта первая московская австерия - ресторация, устроенная на западный манер.
В 1754 году здание Главной аптеки было передано Московскому университету. Университет покинул здание в 1793 году, затем в нём располагались различные государственные учреждения.