• Это слово в русском языке закрепилось в мужском роде. Сегодня его правильно использовать только так, о чём бы вы ни говорили: о дереве или его плодах — орехах, которые часто добавляют в выпечку.
• Поговаривают даже, что если в кофейне попросить круассан «с миндалью», то высока вероятность, что вам подсунут вчерашний, несвежий.
• Правильно будет
«круассан с миндалём», «со вкусом миндалЯ», «теперь я весь в миндалЕ».
Грамотная речь | Лингвистика