Конспекты Юджина: COVID-19 и SARS-СoV-2

2021-12-31 15:41:11 Каждую неделю я выписываю интересные публикации в журналах с высоким импакт-фактором себе в заметки. Обычно получается сборник с большим количеством материалов за неделю, многие из которых могут быть интересны для прочтения.

Четвёртая неделя декабря (20.11.21–26.12.21).
Более 100 англоязычных публикаций: https://telegra.ph/Nauchnye-publikacii-za-4-nedelyu-dekabrya-2021-201121261221-12-31

Сказать спасибо: 5536 9138 3126 6560 Открыть/Комментировать

2021-12-26 16:12:13 Дальнейшая эволюция вариантов SARS-CoV-2

Наполняю большой сборник по омикрону. И по ходу работы обнаружил две интересные публикации. Спешу поделиться с вами кратким пересказом наиболее любопытных моментов из них.

Есть как минимум два основных пути развития SARS-СoV-2:

1. Эффективность передачи.

Способность новых вирусных вариантов передаваться лучше, чем предыдущие варианты, в какой-то момент достигнет своего пика. Вирус не может улучшать эту способность до бесконечности. Главный вопрос: когда эта эволюция достигнет своего пика и какой потенциал у вируса ещё остался? SARS-СoV-2 придётся балансировать между эффективной передачей и таким ущербом, который не помешает ему распространяться дальше. Ведь чем серьёзнее человек болеет, чем меньше шансов, что он сможет «переносить вирус на ногах», заражая других людей.

* Трансмиссивность (transmissibility), или контагиозность, или заразительность, — это вероятность заражения при контакте между инфицированным и неинфицированным.
* Вирулентность (virulence) — это способность патогена причинять вред хозяину: вызывать болезнь или приводить к летальному исходу у инфицированного.

Однако не всегда способность лучше передаваться приводит к уменьшению тяжести заболевания! Иначе говоря, не всегда повышение трансмиссивности приводит к понижению вирулентности [1]. Эволюция вирусов сложнее! Если сильное повышение трансмиссивности коррелирует с повышением вирулентности, то в популяции может закрепиться вариант вируса, вызывающий более серьёзное заболевание. То есть сильно повышенная скорость передачи вируса компенсирует способность вызывать более тяжёлую болезнь, замедляющую передачу вируса [2]. Как раз это мы наблюдали в ситуации с дельта-штаммом, который передавался намного лучше, чем предыдущие варианты, но при этом вызывал более серьёзное заболевание.

Более того, чем меньше перекрёстный иммунитет от старых вариантов к новым вариантам, тем выше шанс, что у нового повышенная трансмиссивность компенсирует повышенную вирулентность. Чем меньше иммунитет в популяции, тем выше шанс, что мы получим не только более передаваемый, но и более «злой» вариант вируса [2]. Возможно, чем больше людей в популяции переболели и вакцинировались, тем меньше шансов, что эволюционный отбор пройдёт новый более передаваемый вариант, который ко всему прочему ещё и вызывает более серьёзную инфекцию.

2. Уклонение от иммунитета.

По мере того как способность SARS-CoV-2 к улучшенной передаче будет замедляться, вирус всё ещё сможет эволюционировать в сторону ухода от иммунной защиты. Самый простой способ для вируса вызывать новые вспышки — накапливать мутации, позволяющие уходить от иммунной защиты. Тут важно учитывать, что даже сезонные коронавирусы, такие как HCoV-229E, могут заражать человека снова и снова на протяжении всей его жизни за счёт мутаций, которые позволяют им уходить от иммунного ответа [1].

Некоторые мутации, способствующие лучшему уклонению от иммунной защиты, снижают способность вируса эффективно передаваться или реплицироваться. Поэтому вирусу придётся балансировать между эффективным распространением и уклонением от существующего иммунитета в популяции [1, 2].

В то же время возможны менее ожидаемые варианты развития. Например, гипотетически SARS-CoV-2 может улучшить свои характеристики за счёт рекомбинации с другими коронавирусами [1].

Источники, рекомендую прочитать в оригинале:
1. https://www.nature.com/articles/d41586-021-03619-8 (07.12.21)
2. https://www.nature.com/articles/s41559-021-01600-2 (23.12.21)

Поддержать и поспособствовать созданию большего количество полезных материалов: 5536 9138 3126 6560 Открыть/Комментировать

2021-12-25 17:50:11 Если кто пропустил, сегодня сразу 3 интересных стрима.

1. От Алексея Водовозова по COVID-19:


2. От Медача по итогам пандемии COVID-19:


3. От ANTROPOGENEZ.RU, будем выбирать главного превдоэксрперта-мракобеса, в том числе и среди ковид-диссидентов:

Открыть/Комментировать

2021-12-24 19:08:48 Открыть/Комментировать

2021-12-24 11:08:10 «Паксловид» — препарат против COVID-19, снижающий риск госпитализации и смерти на 88% у людей из групп риска

Наконец-то появился препарат, направленный непосредственно против самого SARS-CoV-2 и сильно снижающий риски в случае заражения. По результатам клинических испытаний «Паксловид» снижает риск госпитализации и смерти от COVID-19 на 88% среди невакцинированных людей с хотя бы одним фактором риска развития тяжёлой формы инфекции [1, 2, 3]. Для сравнения: Молнупиравир сокращает эти риски на ~30%, при этом может чаще приводить к побочным эффектам.

1. Детали клинического испытания.
— Выборка: 2085 человек (1039 из них получали паксловид, а 1046 — входили в контрольную группу и получали плацебо).
— Результаты. В течение 28 дней со дня приёма препарата были госпитализированы или умерли в результате инфекции: 0,8% человек в группе, получающей паксловид и 6% человек в группе, получающей плацебо.

2. Состав.
Включает в себя два компонента:
— Нирматрелвир: ингибирует основную протеазу SARS-CoV-2 (блокирует белок вируса), не давая ему создавать в клетках вирусные копии.
— Ритонавир: также ингибирует основную протеазу SARS-CoV-2, кроме того, замедляет метаболизм нирматрелвира, позволяя ему дольше и в более высоких концентрациях оставаться в организме и выполнять свою функцию.

3. Форма применения.
Принимается перорально в форме трёх таблеток (две таблетки нирматрелвира и одна таблетка ритонавива) два раза в день в течение 5 дней, начиная с 5 дня после появления симптомов COVID-19. Всего 30 таблеток. Не разрешено принимать препарат: более 5 дней, не по рецепту, для профилактики COVID-19. Также стоит учитывать, что «Паксловид» не заменяет вакцинацию или ревакцинацию.

4. Одобрение препарата.
FDA (Управление по санитарному надзору за качеством пищевых продуктов и медикаментов) разрешило применение «Паксловида» детям в возрасте от 12 лет и взрослым с высоким риском тяжёлой инфекции, у которых есть положительный результат теста на SARS-CoV-2.

5. Дальнейшие планы.
— Клинические испытания: компания Pfizer продолжает клинические испытания «Паксловида» у людей с меньшим риском развития тяжёлой COVID-19, а также в профилактических целях для людей, контактировавших с заразившимися COVID-19.
— Производство: к первой половине 2022 года планируется произвести такой объём препарата, которого хватит на 30 млн курсов лечения (один курс: 30 таблеток), к концу 2022 года — на 80 млн курсов лечения.
— Распространение: компания Pfizer подписала соглашение, помогающее облегчить доступ к препарату по сниженным ценам в 95 странах мира с низким и средним уровнем дохода (на которые приходится 53% населения планеты) .

Ожидается, что «Паксловид» может предотвратить часть госпитализаций и смертей от COVID-19 и снизить нагрузку на систему здравоохранения при распространении омикрон-варианта.

***

Сказать спасибо: 5536 9138 3126 6560

Источники:
1. https://www.science.org/content/article/fda-greenlights-pfizer-s-oral-covid-19-drug (22.12.21, в том числе источник иллюстрации)
2. https://www.fda.gov/news-events/press-announcements/coronavirus-covid-19-update-fda-authorizes-first-oral-antiviral-treatment-covid-19 (22.12.21)
3. https://clinicaltrials.gov/ct2/show/NCT04960202

Поиск данных и их разбор: Евгений Недильский.
Оформление и перевод иллюстраций: Александр Митряшкин. Открыть/Комментировать

2021-12-24 11:07:48 На иллюстрации изображена схема действия двух препаратов: «Паксловид» от компании Pfizer и «Молнупиравира» от компании Merck.

Источник: https://www.science.org/content/article/fda-greenlights-pfizer-s-oral-covid-19-drug

Разбор далее... Открыть/Комментировать

2021-12-23 14:50:17 Напоминаю, что в журнале JAMA Network интересные иллюстрации к публикациям находятся обычно не в тексте статьи, а во вкладке «FIGURES/TABLES». Например, это относится к третьей ссылке в предыдущем разборе. Призываю вас как можно чаще заглядывать в источники.

mRNA-1273 — Moderna;
BNT162b2 — Pfizer;
JNJ-78436735 — Johnson & Johnson. Открыть/Комментировать

2021-12-23 14:39:02 3 важных новости из США [краткий конспект]:

1. Омикрон всего за 3 недели, скорее всего, стал доминирующим штаммом в США.

На 18 декабря 2021 года омикрон обнаруживался в 73% секвенированных образцов SARS-СoV-2. По приблизительным оценкам трансмиссивность у омикрона в 2–3 раза выше, чем у дельта.

В ближайшие недели в стране может возникнуть тройная угроза респираторных вирусов: дельта, омикрон и сезонный грипп. Вспышки гриппа A (H3N2) уже зафиксированы в нескольких университетских городках.

2. Вакцинация в разы уменьшила количество смертей, госпитализаций и заражений COVID-19.

Рассчитанное положительное влияние вакцинации в США в период с 12 декабря 2020 года по 30 ноября 2021 года:
— Летальные исходы. Вакцинация предотвратила 1,1 млн смертей. Без вакцин летальных исходов из-за COVID-19 было бы в 3,2 раза больше.
— Госпитализации. Вакцинация предотвратила осложнения, требующие госпитализации у более 10 млн человек. Без вакцин госпитализаций при заражении было бы в 4,9 раза больше.
— Заражения. Вакцинация уменьшила количество заражений COVID-19 на 36 млн случаев. Без вакцин новых случаев заражения было бы в 5,2 раза больше.

В США было вакцинировано в этот период только 62% населения.

3. Даже при дельта-штамме привитые заражались COVID-19 гораздо реже, чем непривитые.

На сколько заражались COVID-19 невакцинированные чаще по сравнению с вакцинированными в период с 1 мая по 7 августа 2021 года:
— Moderna: на 412%;
— Pfizer: на 287%;
— Johnson & Johnson: на 159%.

Расчёты велись на самой большой когорте протестированных людей в торговых точках, которая составляла более 1,2 млн человек.

Поиск и разбор данных: Евгений Недильский
Поблагодарить: 5536 9138 3126 6560

Источники:
1. https://jamanetwork.com/journals/jama/fullarticle/2787609 (22.12.21)
2. https://jamanetwork.com/journals/jama-health-forum/fullarticle/2787531 (21.12.21); более подробное сравнение: https://www.commonwealthfund.org/publications/issue-briefs/2021/dec/us-covid-19-vaccination-program-one-year-how-many-deaths-and
3. https://jamanetwork.com/journals/jamanetworkopen/fullarticle/2787363 (22.12.21) Открыть/Комментировать

2021-12-22 19:27:27 Иллюстрации из разобранного выше препринта. Открыть/Комментировать

2021-12-22 19:25:16 Титр нейтрализующих антител Sputnik V + Sputnik Light против омикрон-варианта

Новость от Дениса Логунова и других учёных, отвечающих за разработку Sputnik V. Разберём результаты исследования, опубликованные 21 декабря в препринте.

1. Привитые Sputnik V 6–12 месяцев назад.

Титр нейтрализующих антител против омикрона снижен в 11,76 раз по сравнением с вариантом B.1.1.1.

2. Привитые Sputnik V, а затем ревакцинированные Sputnik Light 2–3 месяца назад.

Титр нейтрализующих антител против омикрона снижен в 7,13 раз по сравнением с вариантом B.1.1.1. Однако во всех сыворотках крови ревакцинированных были обнаружены нейтрализующие антитела IgG к RBD S-белка омикрон-варианта SARS-СoV-2.

Причём, титр нейтрализующих антител к варианту B.1.1.1 у вакцинированных Sputnik V был примерно такой же, как титр нейтрализующих антител к омикрон-варианту у ревакцинированных Sputnik Light.

* Проверка проводилась на нативном изоляте от пациента, прибывшего из ЮАР, а не на псевдовирусе!

Резюме. Титр нейтрализующих антител против омикрон-варианта значительно снижен как у переболевших COVID-19, так и у вакцинированных. Однако высока вероятность, что ревакцинация с помощью Sputnik Light может подойти для частичного уменьшения рисков при заражении омикрон-вариантом.

***

Поиск и разбор исследования: Евгений Недильский.
Оформление и перевод иллюстраций: Денис Монета.

Сказать спасибо: 5536 9138 3126 6560

Источник: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.12.17.21267976v1.full.pdf Открыть/Комментировать