Когда Христофор Колумб высадился на острове 19 ноября 1493 года во время своего второго путешествия к берегам Америки, остров был заселён индейцами, называвшими себя таино. Таино называли остров «Борикен» (исп. Borikén), что впоследствии было интерпретировано испанцами как «Боринкен» (исп. Borinquen). Колумб назвал остров Сан Хуан де Баутиста, в честь святого Иоанна Крестителя.
Испанцы колонизировали остров, построили на нем город и назвали его Пуэрто-Рико («богатый порт», в переводе с испанского).
Но позже один из европейских картографов перепутал названия острова и города. С тех пор остров называют Пуэрто-Рико, а его столицу Сан-Хуан.
