С 1219 по 1269 годы Отрар был частью Монгольской империи. Отрар относился к улусу Джучи. После смерти хана Мунке Хубилай был последним властителем империи. Именно при нем и случился распад государства. Ему так и не удалось удержать власть над всей империей.
В 1269 году был созван курултай в долине реки Талас. Менгу-Тимур, Борак и Хайду, правители соответственно Джучиева, Чагатайского и Угедэева улусов, объявили о независимости своих улусов от Хубилая.
В итоге улус Джучи стал де-факто независимым. Это государство было более известным как Золотая Орда. И Отрар был частью Золотой Орды, пока в 1380 году Тамерлан не завоевал его. Так, в 1380-м году город отошел к империи Тимуридов.
