Liza Loves Biology

2022-12-15 17:12:58 Я не очень люблю исследования, в которых заявляется об установлении связи между двумя параметрами без попытки разобраться в природе этой связи. Когда подобные исследования выполнены, на, эм, весьма невысоком уровне, то от них у меня неизменно остается ощущение, что меня или обманывают, или, по крайней мере, мне что-то недоговаривают. Путаница между причиной и следствием, небрежная, а то и просто неверная статистика и, конечно, спортивное натягивание совы на глобус в выводах. Хорошо, связь установили, но мне всегда хочется спросить, а что же кроется за нею, за этой связью, какой биологический процесс, механизм или закономерность? Но одна из таких недавних работ о связях меня очень заинтриговала. Вчера в Genome Medicine вышла статья, авторы которой показали, что у мужчин одним из факторов риска тяжелого COVID-19 является утрата Y-хромосомы в лейкоцитах! Экспериментальное исследование влияния утраты Y-хромосомы на функционирование клеток миелоидного ряда, понятное дело, не проводилось, но авторы предполагают, что без Y-хромосомы моноциты и нейтрофилы мужчин функционируют иначе. Интересно, какие факторы, кодируемые Y-хромосомой, могут влиять на сопротивление вирусной инфекции у мужчин? Открыть/Комментировать

2022-12-13 17:52:41 Говоря о предпочтении кодонов, обычно имеют в виду разные биологические виды, которые, так уж сложилось в ходе эволюции, для одной и той же аминокислоты используют разные синонимичные кодоны. Вещь известная, не то чтобы редкая и изрядно портящая жизнь при получении рекомбинантных белков. Однако, похоже, фокусы с синонимичными кодонами проделывают не только разные виды организмов, но и злокачественные клетки! Вчера в Nature Cancer появилась статья, рассказывающая о неожиданном поведении клеток рака молочной железы: становясь метастатическими, эти клетки почему-то начинают выказывать явное предпочтение изолейциновому кодону AUA — не на уровне его присутствия в геноме, конечно, а на уровне использования. А именно, в метастазирующих клетках рака груди повышается экспрессия изолейциновой тРНК, узнающей кодон AUA, э экспрессия синонимичной тРНК, распознающей кодон AUC, напротив, подавляется. Более того, экспрессия тРНК с антикодоном UAU способствует метастазированию, а ее изолейциновой "коллеги" с антикодоном GAU ему препятствует. Противоположный эффект двух разных синонимичных тРНК на фенотип раковой клетки связан, по всей видимости, с тем, что их использование оказывает эффект на гены, способствующие опухолевому росту. Вот такое вот интересное наблюдение. Открыть/Комментировать

2022-12-09 16:14:11 В последнем выпуске Nature, оказывается, отметились еще трое российских исследователей — Иван Звягин, Дмитрий Чудаков и Екатерина Комеч, работающие в ИБХ и РНИМУ им. Пирогова. Они стали соавторами (а Иван — одним из первых авторов!) статьи, посвященной глубинным основам выявленной ранее связи между наличием варианта человеческого лейкоцитарного антигена HLA-B*27 и предрасположенностью к некоторым воспалительным заболеваниям. От души поздравляю! Открыть/Комментировать

2022-12-08 13:12:20 Мне всегда очень отрадно, когда у российских ученых выходят статьи в Nature и Science. Вчерашний день, точнее, вечер, подарил именно такой повод для радости. Российские исследователи при участии коллег из Канады и Франции описали новую супергруппу эукариот, которая получила название Provora. Ее представители — хищные протисты-жгутиконосцы, которые или заглатывают клетки других простейших целиком, либо откусывают от клетки-жертвы куски с помощью продольной борозды. Что важно, большую роль в выделении новой группы сыграл морфологический анализ ее представителей. Побуду немного классическим биологом и побрюзжу, что сейчас вместо реальных живых организмов мы изучаем молекулы, но, справедливости ради, замечу, что в случае Provora и анализ транскриптомов с митохондриальными геномами дал много интересных сведений. Например, оказалось, что у Provora есть гомологи порообразующих цитолитических белков, которые играют важнейшую роль в функционировании иммунитета у растений и животных. Вполне возможно, что хищным одноклеточным такие белки нужны как раз в связи с их плотоядным образом жизни для быстрого умерщвления жертв. Конечно, работы еще много — например, пока ни у одного представителя Provora не секвенирован ядерный геном. Тем не менее, я от души поздравляю Дениса Тихоненкова и всех его соавторов с такой мощной публикацией! Открыть/Комментировать

2022-12-05 17:47:45 Сейчас будет немного околонаучного субъективного философствования, но ведь можно иногда и побубнить в своем канале, правда? Так вот, в который раз, просматривая биографии ученых Нового времени, не перестаю удивляться, в какие же узкие рамки современный мир загнал людей науки — впрочем, не только их, конечно, но о жизни современного ученого мне с моей колокольни судить гораздо удобнее, чем, например, спортсмена. Все мы прекрасно знаем, как мало сейчас в жизни ученого времени для побочных активностей: порой, чтобы опубликоваться вовремя и отчитаться за грант, приходится работать без выходных и отпусков. В прошлые века мало кто делал науку основной сферой деятельности, зачастую это была вторая, неофициальная, работа или вообще невинное занятие для досуга, хобби, как бы мы сейчас сказали. Гёте, например, известен скорее как писатель и философ, но именно он ввел в обиход термин "морфология", а еще он был автором большого труда по анатомии и развитию растений и описал межчелюстную кость у человека. Но парадокс в том, что некоторым из тех, кто в былые времена занимался наукой just for fun, довелось описать или открыть нечто такое, что навсегда вписывало их имя в историю науки, в то время как про подавляющее большинство тех, кто сейчас делает науку 24 на 7, мало кто знает за пределами их очень узкой области и вряд ли кто-то вспомнит через много лет. Более того, раньше многие ученые спокойно переключались с одной темы на другую и могли оставить весомый вклад в самых разных областях знания. Мне кажется, этот момент хорошо отражает слово "естествоиспытатель", которое часто используют по отношению к ученым былых эпох: естествоиспытатель изучает природу as it is, неважно, физика это, химия, медицина или геология. Глупо искать виноватых в том, что сейчас нельзя, как пару столетий назад, написать всего одну публикацию, чтобы навсегда вписать свое имя в анналы истории науки. Мир усложнился и изменился, научного знания накоплено слишком много, чтобы оно могло полностью уместиться в одной, пусть даже самой светлой, голове, и для того, чтобы написать одно предложение в статье, может потребоваться несколько месяцев напряженного труда. Не перестаю удивляться, как за каких-то пару столетий процесс получения научного знания достиг просто фантастической сложности. Но ведь в этом большая заслуга отцов-основателей, занимавшихся изучением окружающего мира в свободное от государственной службы и раскладывания пасьянсов время. Открыть/Комментировать

2022-12-01 15:55:30 Есть такие люди, которые буквально фонтанируют энергией и эмоциями, как гейзер на Камчатке, но при этом ухитряются свою в прямом смысле сногсшибательную энергетику хотя бы иногда направлять в позитивное русло. Наверное, от шила в одном месте больше вреда, чем пользы, и в жизни вообще, и в науке в частности, но ведь есть такие задачи, на которые без этого самого шила и не замахнешься. В конце концов, должен же кто-то пробивать стены, пока мы добросовестно подчищаем осколки? Для меня образцом такого страстного безумца от науки является Крейг Вентер. Его безусловная самонадеянность, местами доходящая до абсурда, все же, я думаю, принесла немало пользы науке. И дело не только в конкретных результатах, хотя значимость проекта "Геном человека" умалить трудно, но и в идеях, благодаря которым в методологическом плане биология сделала мощный рывок вперед. А уж чего стоит сама репутация ученого, который берется за задачи, кажущиеся нерешаемыми! К слову, о нерешаемых задачах. После триумфального завершения проекта "Геном человека" Вентер нашел множество применений своей кипучей энергии, в частности, взялся за создание ни много ни мало искусственной жизни. Начиналось все с микоплазмы, из генома которой выкинули существенную часть — так появилась первая синтетическая бактерия, пусть и не созданная с нуля, но все же очень сильно отличающаяся от природного исходника. Потом команда Вентера получала новые версии искусственной клетки, все больше удаляющиеся от исходной микоплазмы. Актуальная на сегодняшний момент версия — JCVI-syn3.0, минимальная синтетическая бактерия, геном которой насчитывает всего лишь 531 тысячу пар оснований. Минимальные искусственные бактерии — это не игра в бисер, они находят применение в фундаментальной науке. Например, вчера вышла статья, авторы которой научили плавать исходно неподвижную JCVI-syn3.0 с помощью нескольких компонентов цитоскелета бактерии Spiroplasma. Безумство храбрых, конечно, не всегда хорошо, но история Вентера, мне кажется, хорошо иллюстрирует, как в науке бывают важны исключительные личные качества. Открыть/Комментировать

2022-11-27 21:04:29 Пару лет назад я написала для Биомолекулы @biomolecula статью о курьезном случае использования системы CRISPR-Cas фагами для выяснения отношений друг с другом. Но, похоже, фаги, тем или иным образом получившие системы CRISPR-Cas и использующие их для борьбы с "коллегами по цеху", точно не единичны, хотя и редки. Недавно группа нобелевского лауреата Дженнифер Даудны опубликовала в Cell результаты метагеномного анализа фаговых геномов из разных сред. Нашли много интересного, в частности, оказалось, что фаги смогли разжиться системами CRISPR-Cas всех шести типов, которые на данный момент выделяют, хотя часто в фаговых системах оказываются утраченными какие-то компоненты. Тем не менее, похоже, демо-версии CRISPR-системы многим фагам вполне хватает. Впрочем, всего лишь 0,4% известных на данный момент фагов имеют CRISPR-систему; для сравнения, CRISPR-Cas есть в геномах 40% бактерий и 85% архей. В той же работе у одной группы фагов был найден очень крутой эффекторный белок Casλ, который имеет все предпосылки для того, чтобы найти применение в редактировании генома: по своим рабочим характеристикам он не уступает Cas12a, зато гораздо мельче размером. По аминокислотной последовательности этот белок ни на что не похож, а РНК, с которой он взаимодействует, имеет совершенно уникальную вторичную структуру. Открыть/Комментировать

2022-11-25 16:52:33 Открыт набор на второй поток практического курса PCR.NEWS

Введение в технологии NGS. Работа с данными секвенирования

Даты проведения: 27 января — 1 февраля 2023 года
Формат: очно (Москва) / онлайн

Теория и практика для начинающих Курс разработан биологами-практиками специально для тех, кто знаком с основами молекулярной биологии и только заинтересовался темой анализа данных секвенирования.

Цель — дать вам полные теоретические знания, показать ГДЕ и КАК берутся «сырые» данные и научить практическим навыками их анализа и обработки. Самое главное — отсутствие страха перед новым материалом =>> опытные преподаватели помогут во всём разобраться

Во время практики вы изучите работу с базами данных и командной строкой. Пройдете путь проведения анализа результатов секвенирования до полного сборки генома, аннотации точечных мутаций,численного определения дифференциально экспрессируемых генов и идентификации сплайс-вариантов.

Успейте зарегистрироваться со скидкой 20% до 1 декабря =>> https://biomedschool.ru/ Открыть/Комментировать

2022-11-23 17:15:07 Смотрите, какое необычное исследование подвез мой любимый журнал Current Biology! Авторы статьи исследовали с помощью биомаркеров рацион питания эдиакарских животных. Эти загадочные животные, совершенно не похожие на современных, доминировали в фауне Земли в докембрии. Анализ макрофоссилий некоторых эдиакарских обитателей на предмет содержания биомаркеров пищи позволил установить, что моллюскоподобная Kimberella и червеобразная Calyptrina вполне себе имели кишку и питались водорослями и бактериями. А вот у одного из самых известных эдиакарских животных, Dickinsonia, никаких молекулярных следов пищи не нашлось, поэтому она, скорее всего, не имела кишки и жила за счет внешнего пищеварения подобно современному трихоплаксу. Вы только вдумайтесь, до чего дошел прогресс: ученые смогли узнать, что и как кушали зверушки, обитавшие 600—500 млн лет назад! Открыть/Комментировать

2022-11-18 17:02:25 Проказа, или лепра, многие века оставалась страшным инфекционным заболеванием, которое не только годами разрушало тело человека, но и превращало несчастного больного в социального изгоя. Возбудитель проказы Mycobacterium leprae, она же палочка Хансена, — бактерия во многих отношениях необычная. Эта бактерия является внутриклеточным паразитом и заражает шванновские клетки. До сих пор все попытки вырастить лепрозную бактерию оказываются неудачными, и ее свойства часто изучают на весьма необычных объектах — броненосцах. Так уж сложилось, что никаких более лабораторно-привычных животных M. leprae не заражает. На днях в Cell Reports Medicine вышла очень необычная статья, посвященная влиянию возбудителя проказы на гепатоциты броненосцев. Ранее было известно, что M. leprae вызывает доброкачественное увеличение печени, и в его основе лежит, как оказалось, перепрограммирование гепатоцитов под влиянием бактерии, благодаря которому печень в прямом смысле омолаживается. Парадоксально, но бактерия, вызывающая одно из страшнейших инфекционных заболеваний в истории человечества, способствует омоложению печени, не вызывая при этом ни фиброза, ни злокачественных преобразований! Такое никаким гепатопротекторам и не снилось. Примечательно, что и шванновские клетки, которые M. leprae напрямую инфицирует, под влиянием этой бактерии тоже перепрограммируются в клетки, напоминающие клетки-предшественницы нейронов или даже стволовые клетки. Каким образом палочка Хансена творит все эти чудеса, непонятно, но ее влияние на организм хозяина не имеет аналогов среди инфекционных агентов. Открыть/Комментировать