Что-то давно у нас не было плохих новостей. Шутка, конечно, бы | Безвольные каменщики
Что-то давно у нас не было плохих новостей. Шутка, конечно, были только что, но есть еще. В полку новорожденных коронавирусов, кажется, прибыло. В 11 странах обнаружился еще один вариант, несущий устойчивый набор мутаций. Описала, что мы про него на сегодня знаем, для The Insider [1]. Пока его назвали B 1.525. Чаще всего новую разновидность находят в Дании и Великобритании, дальше идут Нигерия, США и Франция. При этом изменяется он активнее всего в Нигерии и Иордании. Затем с большим отрывом следуют Гана и Австралия. Это неудивительно – в Африке вирус испытывает наибольший эволюционный прессинг. Там очень много тех, кто уже переболел, поэтому патогену сложно найти себе новых хозяев, и любые мутации, которые хоть немного облегчают этот процесс, немедленно закрепляются.
Вариант B 1.525 несет много разных мутаций, но самыми значимыми ученым кажутся несколько, главным образом, в спайк-белке, том самом, который необходим вирусу для связи с клеточными рецепторами ACE2, и на который преимущественно нацелены самые эффективные, так называемые нейтрализующие антитела. Во-первых, это E484K, так называемая мутация ухода, делающая вирус устойчивым к некоторым антителам. Она есть и еще двух новых коронавирусных штаммов, бразильского и южноафриканского, а также недавно независимо появилась у британского. Очевидно, она дает вирусу существенное преимущество – способность заражать уже переболевших (не обязательно вызывая болезнь или, по крайней мере, тяжелую болезнь), поэтому можно предположить, что мы еще не раз увидим ее у новых вариантов SARS-CoV-2.
Во-вторых, делеция (выпадение нуклеотидов) в позициях 69-70, характерная особенность британского штамма, благодаря которой его можно обнаружить определенными ПЦР-тест-системами, что гораздо дешевле, чем полностью расшифровывать последовательность.
Новая мутация Q677H (замена глутамина на гистидин). Она неоднократно появлялась у разных ветвей коронавируса, но не закреплялась. Располагается в том месте, где особый фермент, сидящий, на поверхности клетки, разрезает спайк-белок – это необходимый шаг для того, чтобы вирус мог проникнуть в клетку. Предполагается, что замена глутамина на гистидин может повышать доступность этого участка для протеаз.
Еще одно новое изменение F888L (замена фенилаланин на лейцин) находится в части спайк-белка, называемой IFR (internal fusion peptide, внутренний фьюжн-пептид, или пептид слияния). IFR нужен для того, чтобы закрепить вирус, атакующий клетку, внутри нее. После того, как клеточная протеаза разрежет спайк, IFR-фрагмент остается торчать наружу. За счет конформационных изменений (изменений формы) спайк-белка вирусная частица подтягивается ближе к поверхности, облегчая слияние мембран. Еще до слияния IFR проникает под клеточную мембрану и заякоривается там, не давая вирусу случайно оторваться от клетки-жертвы.
Можно предположить, что Q677H и F888L помогают коронавирусу более эффективно проникать в клетки, то есть делают его более заразным. Так ли это на самом деле – неизвестно, данных о реальной динамике распространения нового варианта пока нет. Влияют ли эти мутации на устойчивость к антителам, тоже пока непонятно. Очевидно, в ближайшее время лаборатории проверят это, особенно если количество новых случаев заражения B 1.525 будет расти. Но присутствие E484K практически гарантирует устойчивость к части антител – как к ним устойчивы бразильский и южноафриканский штаммы.
Стоит ожидать, что эта разновидность коронавируса – не последняя, и в обозримом будущем мы увидим, как от разных его ветвей отпочкуются новые варианты. Видимое ускорение мутационного процесса SARS-CoV-2 связано не с тем, что вирус стал быстрее мутировать – скорость появления изменений осталось той же, что и вначале пандемии. Причина стремительного появления новых штаммов – неуклонно, но медленно растущее количество людей, иммунных к старым версиям коронавируса.
