ИБХ

2022-07-05 18:51:25 Растительные лигнаны – активные компоненты многих лекарственных растений, что делает их привлекательным объектом разработки в качестве терапевтических агентов для практического применения. Структурное разнообразие обуславливает наличие большого числа естественных фармакофоров, что позволяет им взаимодействовать с различными ферментами, рецепторами, ионными каналами и сигнальными молекулами. Команда ученых из ИБХ РАН опубликовала обзор, суммирующий знания об использовании лигнанов в качестве биологически активных соединений при патологиях, связанных с окислительным стрессом и воспалением, фармакологических эффектах in vitro и in vivo, молекулярных механизмов, лежащих в основе этих эффектов, и подходов к химическому синтезу. Работа опубликована в журнале International Journal of Molecular Sciences.
https://www.ibch.ru/ru/press/news/science/4186 Открыть/Комментировать

2022-07-01 19:30:16 Новая структурная группа антибиотиков из нового штамма-продуцента Streptomyces sp. КММ 9044 открыта в результате совместной работы сотрудников ИБХ РАН и коллег из Тихоокеанского института биоорганической химии им. Г.Б. Елякова (ТИБОХ РАН). Из культуральной жидкости штамма было выделено два соединения, обладающих антибактериальной активностью. Их структура установлена с использованием методов ЯМР и хромато-масс-спектрометрии высокого разрешения, а также подтверждена серией химических трансформаций. Данное семейство соединений представляет собой хлорированные циклические депсигептапептиды, содержащие редкие и ранее не встречавшиеся в макроциклической структуре депсипептидов аминокислоты 3-гидрокси-4-хлорвалин и 4-ацетокси-5-метилпролин, а также глицериновую кислоту. Интересное свойство этих антибиотиков – сильное селективное ингибирование нескольких грам-позитивных бактерий: Micrococcus sp., Arthrobacter sp. и M. smegmatis. Результаты опубликованы в журнале Organic Letters.
https://www.ibch.ru/press/news/science/4178 Открыть/Комментировать

2022-06-27 16:04:43 Недавно команде ученых из Лаборатории молекулярной онкологии ИБХ РАН в сотрудничестве с коллегами из других российских институтов удалось установить, что теломеразная РНК человека, считавшаяся некодирующей, обладает кодирующим потенциалом. В клетках человека существует несколько изоформ транскрипта теломеразной РНК, а экспрессия гена hTERC не прекращается при инактивации теломеразы. Ученые предположили, что биогенез первичного транскрипта должен определять, какую функцию будет выполнять конечный продукт экспрессии гена теломеразной РНК человека. Анализируя влияние различных факторов биогенеза РНК на процессинг и транспорт теломеразной РНК человека, авторы выявили, что в условиях ингибирования механизма деградации полиаденилированных РНК происходит накопление в цитоплазме удлиненной формы теломеразной РНК человека, т.е. мРНК, кодирующей выявленный нами ранее белок hTERP. Работа опубликована в журнале Biomedicines.
https://www.mdpi.com/2227-9059/10/6/1275 Открыть/Комментировать

2022-06-21 23:20:40 Нейротрофины и их рецепторы регулируют дифференцировку, выживаемость и рост нервных клеток. Несмотря на их центральную роль в жизни нейронов, механизмы, лежащие в основе передачи сигнала внутрь клетки, до сих пор не до конца изучены. Согласно одной из основных гипотез, в результате связывания с лигандом димер нейротрофинового рецептора Trk претерпевает ряд перестроек, которые и запускают сигнальные каскады внутри клетки. Однако, структурных данных, подтверждающих эту идею, до сих пор не было. Сотрудники Лаборатории биомолекулярной ЯМР-спектроскопии ИБХ РАН и Института биомедицины в Валенсии обнаружили два состояния трансмембранного домена, которые, по-видимому, отвечают за активное и неактивное состояние рецептора. Кроме того, оказалось, что протяженный внеклеточный примембранный регион является неупорядоченным. Это позволило предположить, что передача сигнала возможна, если лиганд непосредственно связывается с этим участком рецептора, тем самым стабилизируя его. Работа опубликована в журнале iScience.
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2589004222006198#fig1 Открыть/Комментировать

2022-06-21 18:36:21 Совместная работа Лаборатории биофармацевтических технологий ИБХ РАН с коллегами из Лаборатории биологических испытаний ФИБХ РАН по разработке и тестированию новых антитромботических препаратов белковой природы из кровососущих организмов. В качестве потенциальных антикоагулянтов были выбраны гемадин из пиявки Haemadipsa sylvestris, вариегин из клеща Amblyomma variegatum и анофелин из малярийного комара Anopheles albimanus. Были разработаны технологии получения всех рекомбинантных препаратов с биофармацевтической чистотой. В качестве объекта сравнения были использован рекомбинантный гирудин-1 из Hirudo medicinalis, внедренный в антитромботическую терапию под торговым названием Iprivask (Aventis Pharmaceuticals, USA). Была исследована антитромботическая активность всех полипептидов с использованием теста по оценке прямого ингибирования активности тромбина и коагуляционных тестов на человеческой и мышиной плазме. Продемонстрирован высокий потенциал гемадина и вариегина, как прямых ингибиторов тромбина. Статья была опубликована в журнале Biomedicines (IF 6.081).
https://www.mdpi.com/2227-9059/10/1/11 Открыть/Комментировать

2022-06-21 16:16:54 Совместная работа сотрудников Лаборатории биофармацевтических технологий ИБХ РАН с коллегами из Института Молекулярной биологии им. Энгельгардта (ИМБ РАН) по разработке эффективного метода препаративного синтеза модифицированных пурин 2'-дезоксирибонуклеозидов. Для этого был проведен сравнительный анализ условий реакции трансгликозилирования, катализируемой пурин (PNP) и тимидин (TP) нуклеозидфосфорилазами, приводящих к образованию 2'-дезоксинуклеозидов. Показано, что максимальные выходы 2'-дезоксинуклеозидов, особенно модифицированных, достигаются при небольшом избытке гликозил-донора (7-метил-2'-дезоксигуанозин, тимидин) и четырехкратном недостатке фосфата. Концентрация фосфата менее эквимолярной позволяет использовать лишь небольшой избыток нуклеозида - донора углеводного остатка для увеличения выхода реакции. Работа опубликована в журнале International Journal of Molecular Sciences (IF 5.924)
https://www.mdpi.com/1422-0067/23/5/2795 Открыть/Комментировать

2022-06-16 20:43:08 Команда ученых из Лаборатории молекулярной биоинженерии ИБХ РАН совместно с коллегами из других российских институтов были предсказала и получила несколько различных рекомбинантных деполимераз, закодированных в профаговых областях генома Acinetobacter baumannii. Для двух деполимераз определена специфичность к капсулярным полисахаридам (КПС) A. baumannii, относящимся к капсульным типам К1 и К92 (К-типы). Полученные данные показали, что деполимеразы профага представляют собой гликозидазы, расщепляющие КПС A. baumannii с образованием мономеров и олигомеров K-звеньев. Рекомбинантные белки с установленной ферментативной активностью значительно снижали смертность личинок Galleria mellonella, инфицированных A. baumannii капсульных типов К1 и К92. Эти ферменты можно рассматривать как подходящие кандидаты для разработки новых антибактериальных средств против соответствующих типов K A. baumannii. Работа опубликована в журнале International Journal of Molecular Sciences.
https://www.ibch.ru/ru/press/news/science/4161 Открыть/Комментировать

2022-06-16 18:47:19 Чехольные белки оболочки составляют часть сократительного молекулярного механизма, присутствующего у бактериофагов с миовирусной морфологией и системой секреции типа VI (T6SS), обнаруживаемой у многих грамотрицательных бактерий. Группа ученых из Лаборатории молекулярной биоинженерии ИБХ РАН с помощью нового программного обеспечения AlphaFold 2 было смоделировано и проанализировано 112 сократительных белков оболочки хвоста фага (TShP), представляющих различные группы бактериофагов и архейных вирусов с миовирусной морфологией. Было показано, что общий домен всех исследованных белков оболочки, включая вирусные белки и белки ССТТ, включает как N-концевую, так и С-концевую части, тогда как остальные части состоят из одного или нескольких умеренно консервативных доменов, полученных в ходе эволюции бактериофагов. Работа опубликована в журнале Viruses.
https://www.ibch.ru/press/news/science/4160 Открыть/Комментировать

2022-06-16 16:24:38 Понимание взаимосвязи между генотипом и фенотипом — ландшафтом приспособленности — проливает свет на фундаментальные законы наследственности и внесет свой вклад в создание новых методов дизайна белков. В настоящей работе команда ученых из Группы синтетической биологии и Группы молекулярных меток для оптической наноскопии ИБХ РАН совместно с зарубежными коллегами использовала несколько подходов для создания новых вариантов встречающихся в природе зеленых флуоресцентных белков путем создания десятков тысяч мутантных вариантов GFP и оценки их способности флуоресцировать. Кроме того, учеными были использованы алгоритмы машинного обучения для предсказания функциональности других вариантов GFP и для расширения их ландшафта приспособленности. Опубликованные результаты показывают, что для создания функциональных вариантов белка и предсказания его функции алгоритму требуются только данные об одиночных мутациях и их влиянии друг на друга (эпистаза низкого порядка). Работа опубликована в журнале eLife.
https://www.ibch.ru/ru/press/news/science/4159 Открыть/Комментировать

2022-06-14 19:35:10 Команда ученых из Отдела биотехнологии и Лаборатория структурной биологии ионных каналов ИБХ РАН синтезировала серию новых аналогов аденозина – производных 2-хлорпурин-рибозида, содержащих в положении С6 амиды аминокислот и провела молекулярный докинг по их сродству к аденозиновым рецепторам типа А1 (A1AR). Коллегами из ВолгГМУ (Волгоград) было проведено исследовано стимулирующей A1AR активности на модели изолированного предсердия мыши. Показано, что производные с остатками тирозина, валина и серина проявляют свойства частичных агонистов A1AR. Эксперименты на животных в тесте «открытое поле» показали, что эти соединения имеют разные профили психоактивного действия. Производное с сериновым заместителем обладает офтальмологическим гипотензивным эффектом. Синтезированные нуклеозиды могут стать основой для дальнейшего дизайна и синтеза новых агонистов A1AR. Работа опубликована в журнале Bioorganic Chemistry.
https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0045206822002838?via%3Dihub Открыть/Комментировать