Земля без соли

2023-05-09 19:48:21 Выглядит прикольно. Честно сказать, я не врубаюсь, как устроена эта NCBI Taxonomy, классификация явно не кладистическая. В общем, красиво, но вряд ли это можно назвать эволюционным деревом. Открыть/Комментировать

2023-05-08 03:49:07 В метавиромных контигах (вирусная фракция из накопительной культуры гипертермофильных архей) нашелся гомолог anti-CRISPR белка, который блокирует CRISPR-Cas системы III типа (высокоэффективная гидролаза циклических олигоаденилатов). Смоделировал димер AlphaFold2, получилось весьма похоже на опубликованную структуру:

https://www.rcsb.org/3d-view/2X4I/1

Только на C-конце две какие-то альфа-спирали появились, хрен знает, что это такое. Может быть, это что-то для димеризации, но вряд ли - там и так образуется димер за счет формирования бета-листа. Вообще у очень многих acr генов есть спутники - транскрипционные регуляторы, обычно с HTH доменом. Эта фигня вроде совсем не похожа ни на какие домены транскрипционных регуляторов, ни на HTH, ни на HLH.

UPD: Еще забавно - в этом C-концевом довеске есть 2 остатка цистеина, которые в предсказанной структуре находятся близко друг к другу и, вероятно, способны формировать дисульфидную связь. Неспроста это, короче. Открыть/Комментировать

2023-05-06 21:53:59 Я наконец настроил новостную ленту в твиттере так, что она предлагает мне только новости о научных статьях, так что я на радостях весь день всякую хрень читал.

В PNAS иногда публикуют совершенно упоротые вещи. Например, вот статья о том, что грибы холодные. Суть в том, что грибы активно испаряют воду с плодовых тел, и из-за этого на несколько градусов холоднее, чем окружающая среда. В этой статье показали, что колонии грибов (в том числе и дрожжей) на чашках тоже холодные. В финале авторы демонстрируют устройство для охлаждения воздуха MycoCooler - пенопластовая коробка с двумя дырками, набитая свежесрезанными шампиньонами. Мне кажется, нужно постараться, чтобы до такой хуйни додуматься. Я проверил дату публикации, подумал, может, это на 1 апреля такое выложили, но нет.

https://www.pnas.org/doi/10.1073/pnas.2221996120

#читаювсякоеговно Открыть/Комментировать

2023-05-06 16:57:54 К слову о секвенировании бактериальных геномов на ONT - Райан Уик (который сделал тул Bandage для визуализации графов сборки) сделал небольшой анализ качества сборок геномов из ридов ONT. Выводы такие: 1) ошибки в сборках часто встречаются на гомополимерных последовательностях; 2) метилирование нуклеотидов также приводит к ошибкам в сборке; 3) полировка сборки тулом Medaka не особо помогает.

Короче, гибридные сборки делать нужно, и полировать короткими ридами.

https://rrwick.github.io/2023/05/05/ont-only-accuracy-with-r10.4.1.html Открыть/Комментировать

2023-05-06 16:33:46 Пишут, что некое растение, родственное цмину, научилось синтезировать каннабиноиды. Правда, как я понимаю, не те, которые хотелось бы.

https://www.nature.com/articles/s41477-023-01402-3

#читаювсякоеговно Открыть/Комментировать

2023-05-06 04:29:22 Звучит довольно странно, но, с другой стороны, почему бы и нет.
Люди померяли температуру внутри митохондрий за счет флуоресцентного красителя, который накапливается в митохондриях (за счет потенциала) и флуоресценция которого зависит от температуры. Пишут, что митохондрии в клетках HEK теплее, чем окружающая среда (38 C) примерно на 10 градусов, что вообще-то дофига.

https://journals.plos.org/plosbiology/article?id=10.1371/journal.pbio.2003992

#читаювсякоеговно Открыть/Комментировать

2023-05-05 17:01:41 Моя однокурсница завела канал про нейробиологию, интересно:
https://t.me/sanya_tells/50

Ну и к слово о PIEZO:

Про эти PIEZO рецепторы я пару лет назад читал интересную статью. По крайней мере, я из нее много интересного для себя узнал. В частности, узнал, что большая часть серотонина в организме синтезируется хромаффинными клетками кишечника; в крови серотонин захватывается тромбоцитами и накапливается в них. Еще узнал, что серотонин каким-то образом снижает массу костей, и таки да, ингибиторы обратного захвата серотонина, повышающие концентрацию серотонина в плазме крови, немного повышают вероятность переломов у людей.

В общем, эти хромаффинные клетки кишечника экспрессируют Piezo1 рецепторы, и активация этих рецепторов хромаффинных клеток стимулирует секрецию серотонина. Оказалось, что Piezo1 активируется свободной одноцепочечной РНК, так что, если вводить мышам в кишечник РНКазу А, то у них можно наблюдать повышение массы костей (и заодно замедление перистальтики).

https://doi.org/10.1016/j.cell.2020.06.022

#читаювсякоеговно Открыть/Комментировать

2023-05-03 20:39:16 У бактерий есть такая штука в геномах, называется PICI (phage-inducible chromosomal islands). Это такие локусы, похожие на профагов, только разможаться самостоятельно они не умеют; эти PICI паразитируют на других фагах. Когда клетку заражает фаг-хелпер, PICI… Открыть/Комментировать

2023-05-03 15:03:56 Ребята неплохо прокачались в фотографировании вирусов

https://t.me/metagenomicslaboratory/72 Открыть/Комментировать

2023-05-02 04:19:09 Наткнулся на сайт некоего поехавшего программиста, который собрал компьютер на реле (впрочем, полупроводников там тоже немного есть): https://dekatronpc.com/index.php/BrainfuckPC Сейчас он собирает компьютер на вакуумных лампах. Интересно, сколько этот компьютер… Открыть/Комментировать