Darth Biology

2021-09-25 11:14:01 Возродим рубрику #подборка, в которой я публикую новости, которые попались мне на глаза в последнее время.

Команда учёных из Японии выяснила, что наличие хобби было связано с более низкими рисками для здоровья сердечно-сосудистой системы. В исследовании участвовали 56 381 человек в возрасте 45–74 лет. За участниками наблюдали с 1993 по 2012 гг. и оценивали частоту сердечно-сосудистых заболеваний в группах: 1) нет хобби; 2) есть одно хобби; 3) есть много хобби. Оказалось, что в группе участников с одним увлечением риск сердечно-сосудистых заболеваний снижался на 10%, а в группе участников с большим количеством увлечений – на все 20% по сравнению с группой людей, у которых не было хобби. В качестве хобби могли выступать чтение книг, рисование, занятия спортом, вязание, работа в саду, путешествия, посещение театров и выставок и т.д., то есть не всякое там вредное употребление алкоголя. Причём интересно, что даже если люди не особо занимались спортом, наличие хобби ассоциировалось со сниженным сердечно-сосудистым риском.

На международном виртуальном конгрессе, посвящённом болезни Паркинсона и двигательным расстройствам, Adams J и коллеги представили результаты исследования WATCH-PD. Согласно результатам исследования с участием 132 пациентов, Apple Watch и iPhone могут различать людей с ранней нелеченной болезнью Паркинсона и здоровых людей из контрольной группы. Устройства сообщали об отличиях в группах в паттернах касания пальцем сенсорного экрана в группе пациентов с болезнью Паркинсона и в контрольной группе: участники из группы контроля больше касались экрана. Кроме того, смартфон и умные часы оказались способны выявить различия в походке участников из разных групп. На смартфоне также было установлено приложение, способное оценивать вербальные, когнитивные и другие способности.

Инженеры MIT разработали новый метод очистки питьевой воды от свинца. Этот метод основан на шоковом электродиализе — технологии, с помощью которой в MIT ранее уже предлагали очищать воду.

Новость про гендерные различия. Доля женщин, которых награждают престижными научными премиями, в последние 20 лет растёт, но всё ещё отстаёт от доли профессорских должностей, занимаемых женщинами. Например, доля женщин-профессоров в 2016-2020 гг. в исследовании составила 28%, при этом научные премии получали только 19%. Наибольший разрыв наблюдается в науках о жизни, информатике и математике. Автор работы, Meho LI, делает вывод, что такой разрыв во многом является результатом демографической инерции, а в некоторых случаях, например в информатике, женщины могут получать меньше признания, чем мужчины, за аналогичные результаты ввиду стереотипов. Предполагается, что доля женщин-учёных с научными премиями вырастет, так как гендерный разрыв в профессорском составе постепенно уменьшается. По данным более ранних исследований, женщины имеют сопоставимые с мужчинами показатели публикационной активности и цитируемости, однако их карьера в среднем короче. Кроме того, женщины реже выступают в качестве первого и последнего авторов – именно эти "места" в списке авторов статьи считаются самыми важными.

Новость для коллег. Австралийский исследовательский совет отменил недавно введённое им правило правило, по которому препринты нельзя было упоминать в заявках на гранты. Ну и хорошо, ведь если бы это правило действовало, многие учёные остались бы без финансирования, особенно это затронуло бы физиков, у которых очень распространена практика опубликования препринтов. Открыть/Комментировать

2021-09-12 00:43:22 Как и в первый раз, температура накрыла спустя 10 часов после введения вакцины. Но мурашки бегать как перед простудой начали уже через 2-3 часа. Парацетамол снял ужасно мерзкую температуру с холодным потом. Но усталость осталась. Открыть/Комментировать

2021-09-11 12:38:35 Here we go again Открыть/Комментировать

2021-08-22 13:20:00 ​Multidisciplinary Digital Publishing Institute, или MDPI, — издательство, предоставляющее открытый доступ к своим журналам за счёт взимания с авторов APC. Список журналов MDPI очень внушительный — 360 наименований. Скорость опубликования тоже впечатляет, что даёт начало сомнениям: а не хищнические ли это журналы? Действительно, в 2014 году MDPI было включено в так называемый "список Джеффри Билла" — список недобросовестных издательств, которые выпускают хищнические журналы. Однако в 2015 году MDPI было исключено из списка, а в 2017 Джеффри Биллу пришлось вовсе удалить весь контент из своего блога, так как на него стал давить работодатель, Колорадский Университет в Денвере. При этом, по словам Джеффри Билла, издательство MDPI "отправляло электронные письма ректору университета и другим [официальным лицам из университета], надеясь реализовать право прерывающего вето (от ред. прерывание речи оратора/хода собрания множеством реплик)" и старалось "как можно больше раздражать университет, чтобы официальные лица так устали бы от электронных писем, что заставили бы замолчать" Джеффри Билла.

Недавно M Ángeles Oviedo-García опубликовала результаты своего исследования, целью которого была проверка, соответствуют ли в действительности 53 журнала MDPI, индексируемых в системе JCR, критериям хищнических журналов. Исследование показало, что проанализированные журналы в той или иной степени удовлетворяют критериям журналов-хищников: например, названия некоторых журналов MDPI можно спутать с названиями других журналов, а в некоторых случаях издательство обещает быструю публикацию. Также анализ данных показал, что количество статей, опубликованных в журналах MDPI в период с 2018 по 2019 гг., сильно возросло, количество спецвыпусков — выросло экспоненциально, при этом размер APC также увеличился. Всё это, по словам исследовательницы со ссылкой на статью K. Siler, вызывает серьёзные опасения в добросовестности MDPI как издательства.

Кроме того, анализ выявил высокую долю самоцитирования в журналах MDPI, то есть один журнал издательства ссылается на другой или даже тот же самый журнал издательства, а в результате индекс цитируемости и рейтинг растут. Таким образом, журналы MDPI, в целом, соответствовали определению журналов-хищников, поскольку издательство уделяет больше внимания личным интересам, а не наилучшей редакционной и публикационной политике.

Следует отметить, что зачастую скорость опубликования статей обуславливается особыми привилегиями для рецензентов, которые смогут прочитать статью и выдать решение как можно раньше. Другой момент — все журналы MDPI находятся в открытом доступе. Это означает, что на них в принципе будут гораздо чаще ссылаться, так как у большего числа людей будет доступ к полному тексту статей. В результате — увеличение цитируемости, в том числе в рамках журналов одного и того же издательства. В конечном итоге за качество представленных данных ответственность несут сами авторы исследования, и даже в хороших журналах публикуют плохие статьи, а в условно плохих журналах — публикуют весьма качественно выполненные исследования. Это лишь значит, что не надо сильно уповать на авторитет какого-либо журнала, ведь его редакторы — тоже люди, и ничто человеческое им не чуждо. Потому читать статьи всё же лучше максимально беспристрастно.

Чек-лист для проверки журнала на добросовестность на русском языке Открыть/Комментировать

2021-08-22 12:57:00 Иногда у меня возникает ощущение, что с момента начала пандемии о существовании журнала The Lancet узнало куда больше людей, чем за 10 лет до неё. Везде про The Lancet пишут с некой долей предыхания: это всегда или "один из самых рейтинговых медицинских журналов" (что правда), или "самый авторитетный журнал" (что преувеличение). Этот флёр авторитета волей-неволей переносится и на другие англоязычные журналы: почему-то принято во многих неанглоязычных странах считать все англоязычные научные журналы качественными. А потому поговорим мы сегодня о том, что журнал — это, безусловно, важно, его рейтинг добавляет +1 балл в копилочку исследования, но содержание статьи всегда должно быть первично.

The Lancet — это действительно очень авторитетное издание, но и у него бывают ошибки. Самая известная — это статья Эндрю Уэйкфилда о "триггерах окружающей среды", которые якобы были ассоциированы с заболеваниями желудочно-кишечного тракта и регрессом в развитии у "ранее здоровых" детей. Если кратко: в исследовании утверждалось о наличии некоторой связи между вакциной против кори-краснухи-паротита и аутизмом. Статья впоследствии была отозвана: расследование выявило фальсификации результатов. Однако между опубликованием и отзывом прошло 12 лет.

Почему люди фальсифицируют данные?
Кому-то нужны известность и слава, кому-то — деньги, будь то финансирование нового проекта или получение зарплаты, зависящей от KPI в виде количества опубликованных статей за год, кому-то — и то, и другое. А у кого-то — думаю, многие коллеги согласятся — на носу защита. Опубликоваться бывает сложно, а публикация нужна срочно. И вот тут на сцене появляются они — хищнические журналы.

Что такое хищнические журналы?
Самый простой и банальный пример — огромное количество всевозможных международных студенческих конференций, которые проводятся чуть ли не каждый день, по всем дисциплинам сразу, да ещё и с максимально быстрой публикацией. Модель прибыльная: хочешь тезисы — плати. Тут сразу надо оговориться, что политика открытого доступа во многих журналах подразумевает оплату (так называемые article processing charges, APC): таким образом авторы могут опубликовать свою статью для всех читателей, а не только для тех, у кого оплачена подписка на журнал. Открытый доступ позволяет увеличить вероятность цитируемости статьи: её прочитает большее число людей, определённая доля — процитирует, тогда как, если статья доступна только по подписке, её шанс быть процитированной сильно падает. Цитируемость равна узнаваемости работы. Индекс цитирования научных статей — один из самых важных наукометрических показателей, определяющих эффективность работы учёных. Хотя он и сильно критикуется. Однако оплата за публикацию в хищнических журналах может проводиться ещё до формального решения об опубликовании (очевидно, что оно будет положительным), тогда как в качественных журналах это всегда оплата после принятого решения.

Признаков журналов-хищников много, но самыми распространёнными являются:
-Предварительная оплата
-Широкий круг освещаемых дисциплин
-Туманная система рецензирования
-Быстрое принятие к публикации
-Материалы заочных конференций
-Крайне навязчивая рассылка с предложениями опубликоваться
-Названия, которые похожи на названия известных журналов
-Постоянно растущая плата за публикацию

Продолжение в следующем посте. Открыть/Комментировать

2021-08-03 18:29:06 Я обещала, что про вакцины не буду разговаривать ещё очень долго, но мой самый любимый подкаст Крит|Мышь позвал меня поучаствовать в открытии нового сезона ещё до этого... Конечно, я не могла отказать Саше, тем более, что, кроме меня, в выпуске была ещё одна гостья — замечательная специалистка в области научной коммуникации Елизавета Дубовик, директор медицинского офиса КБ "Палиндром".

Этот выпуск — это отчасти сеанс коллективной психотерапии / рефлексии на тему, которая всех очень волнует: кто виноват и что делать? И простых ответов тут нет, есть только сложные.

Послушать подкаст можно на любой удобной платформе:
-ВКонтакте
-Castbox
-Сайт
-Яндекс
-Apple
-Google Открыть/Комментировать

2021-07-31 22:15:51 Казалось бы, в биологии и медицине всё вполне неплохо с гендерным равенством: в мире много женщин, работающих в исследовательских и клинических центрах, в том числе на руководящих должностях. Однако есть одна проблема, про которую вспоминают нечасто.

Эта проблема — недостаточная представленность женщин в клинических исследованиях. Речь тут идёт, безусловно, не об исследованиях рака предстательной железы, а о вполне распространённых среди женщин, например, сердечно-сосудистых заболеваниях. Сразу отмечу, что речь в посте пойдёт в большей степени об иследованиях "западного типа", так как в СССР дело с клиническими исследованиями обстояло иначе. Думаю, тема клинических исследований в Советском Союзе требует отдельного поста.

С наукой западного типа, к которой сейчас относится и наука постсоветского пространства, ситуация постепенно выравнивается: исследование 2019 года показало, что доля женщин в исследованиях 1966-2018 гг. составляет 49%. Однако женщины всё ещё плохо представлены в исследованиях сердечно-сосудистых заболеваний, ВИЧ/СПИДа, гепатитов, хронической болезни почек и заболеваний системы пищеварения.

Как же так получилось? Всё дело в том, что вплоть до начала 90-х годов женщин не включали в многие клинические исследования. Самым глобальным исследованием с участием женщин было, пожалуй, Nurses' Health Study, третья часть которого продолжается до сих пор. Однако это исследование было скорее исключением из правил.

Отсутствие женщин в клинических исследованиях до этого момента объясняли распространённым заблуждением о скачущих уровнях гормонов у женщин, что якобы может влиять на результаты исследований. Только в 1993 году был принят акт ревитализации Национального института здоровья США, который по сути разрешил женщинам и меньшинствам (minorities) участвовать в клинических исследованиях.

Проблемы, связанные с недостаточной представленностью женщин в более ранних исследованиях, мы ощущаем до сих пор. Важно понимать, что многие заболевания у женщин и мужчин могут проявляться по-разному, в том числе пресловутые сердечно-сосудистые патологии. Женщин лечат не так усиленно, как мужчин, в результате чего прогнозы женщин могут быть гораздо хуже. Кроме того, мы уже как-то раз обсуждали, что в случаях остановки сердца женщинам реже оказывают первую помощь.

Ещё одна важная проблема — дозы препаратов. У цисгендерных мужчин и женщин чаще всего разные типы телосложения, разные составы тела. В большинстве случаев это не имеет значимого эффекта, однако в ситуациях, связанных со здоровьем, мы обязаны предусматривать все возможные исходы. Например, одним из препаратов, имеющих ограничения по применению, связанные с телосложением разных людей, является золпидем — препарат, применяющийся при бессоннице. Другой пример — в 2001 году FDA сообщило о том, что 8 из 10 изъятых ведомством с рынка США препаратов были более опасны для женщин, чем для мужчин. Ну и, безусловно, имеют значение фармакодинамические различия для отдельных препаратов. Открыть/Комментировать

2021-07-22 23:32:27 @SBERLOGA начинает серию онлайн докладов посвященных Альфафолд (революционному достижению от Гугл ДипМайнд на стыке датасайнс и биологии)
проф. О. Калинина (Helmholtz Institute), к.б.н А. Залевский (ИБХ РАН): "Предсказание трехмерной пространственной структуры белков: классические подходы и методы глубокого обучения"
Пятница 23 июля, 18.00 по Москве

AlphaFold – программа для предсказания пространственной структуры белков с помощью глубоких нейронных сетей, созданная компанией DeepMind, которая уже отметилась значительными успехами в создании программ, играющих в шахматы и го. AlphaFold наделала много шума осенью 2020 года, когда ей удалось с большим отрывом выиграть соревнования по предсказанию трехмерных структур белков CASP. 15 июля этого года была опубликована статья в Nature с описанием метода (https://www.nature.com/articles/s41586-021-03819-2) и код на GitHub (https://github.com/deepmind/alphafold). Прежде чем разбираться в деталях реализации нейросети, мы хотим рассказать про классические методы предсказания пространственной структуры и историю CASP. Также мы обсудим особенности локального развертывания AlphaFold и покажем результаты первых бенчмарков на собственных научных задачах.

Подробнее о докладчиках:
Ольга Калинина, профессор drug bioinformatics, Helmholtz Institute for Pharmaceutical Research Saarland and Saarland University (https://www.helmholtz-hips.de/en/research/people/person/prof-dr-olga-kalinina/), Артур Залевский, кандидат биологических наук, младший научный сотрудник, Институт биоорганической химии РАН (http://www.ibch.ru/structure/groups/lbaccb/1510)

PS
Ссылка на зум будет доступна через тг чат https://t.me/sberlogabio ближе к началу доклада.
Видео записи докладов доступны на ютуб канале SBERLOGA https://www.youtube.com/c/sberloga Открыть/Комментировать

2021-07-14 15:09:30 Если честно, вот теперь тема вакцинации достала и меня, поэтому я планирую на долгое время забыть про неё и заняться обсуждением других вещей. Ну, если, конечно, каких-нибудь форс-мажоров не случится. Новые публикации в журналах к ним не относятся: про них первыми напишут СМИ.

Но я знаю, что всех, в том числе и меня, беспокоит проблема открытости данных. У меня есть некоторые предположения о том, почему с открытостью данных по Спутнику такие проблемы, но я бы предпочла ими не делиться. Всё просто: частично они основаны на моих размышлениях и опыте работы с российской наукой, частично — на инсайдерской информации. Поэтому разве что скажу, что мои предположения частично сегодня подтвердились в статье Reuters.

Издание ссылается на инсайдеров в Европейском медицинском агентстве, строгий отбор которого безуспешно пытается пройти Спутник для регистрации в Европе. Что же пишут? Если вы позволите, я пропущу цитирование РФПИ, так как у них очевидный конфликт интересов. Ну и про свой будет нелишним упомянуть: я привита Спутником.

1. Разработчики вакцины неоднократно не предоставляли данные, которые требует регулятор для регистрации.

2. На начало июня агентство практически не получало данных о производстве, а клинические данные были неполными.

3. В частности, отсутствовала информация о формах отчетов, в которых отмечаются любые нежелательные явления, которые испытали люди после вакцинации. Также для регулятора неясно, как отслеживались результаты в группе плацебо.

Пока все не очень радужно. И вообще, казалось бы, плохо. Но вот тут появляется надежда.

4. Все проблемы были разделены на категории по шкале критические нарушения — серьезные нарушения — незначительные нарушения. По словам источника Reuters, критических нарушений не было, но есть несколько серьезных. Эти нарушения указывают на проблемы, которые можно исправить, но для этого нужно проделать большую работу. Также, по словам источника, не следует ожидать, что эта работа будет завершена до конца лета.

5. Несколько людей, взаимодействовавших с НИЦЭМ Гамалеи, объяснили сложившуюся ситуацию отсутствием опыта работы с зарубежными регуляторами у разработчиков вакцины: "Они не привыкли работать с регулятором вроде ЕМА".

6. ЕМА применяет одни и те же стандарты ко всем заявителям.

7. Упоминаются истории с Бразилией, Словакией и Венгрией, в том числе говорится о разрешение вопросов с Бразилией и Венгрией, а также возвратом вакцины в Россию по причине низкого спроса.

8. Упоминается, что при культивировании основного банка клеток использовалась фетальная бычья сыворотка (стандартно используется в культурах — прим.), происхождение которой не было задокументировано (вероятно, речь идёт об отсутствии данных о производителе, партии, серии, источнике сыворотки и т.д., это необходимо в целях безопасности — прим.). РФПИ ответил, что при культивировании не использовали неизвестную сыворотку, есть независимые подтверждения отсутствия в сыворотке прионов, кто проводил экспертизу, в РФПИ не уточнили.

9. Далее подробнее рассматривается кейс с Бразилией и регулятором Anvisa. Открыть/Комментировать

2021-07-12 20:08:03 Darth Biology pinned «Конспекты в формате вопрос-ответ, которые мы готовили совместно с ведущими экспертами по вакцинации: 1. О вакцине Спутник V: популярные вопросы 2. О вакцине Спутник V. Часть 2: популярные вопросы 3. Мифы о вакцинации: в целом и от COVID-19 Эфиры и подкасты:…» Открыть/Комментировать